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标题: 请问如何为金属酶的金属中心及其第一配位层定义charmm拓扑参数 [打印本页]

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Author: cxcxcx 时间: 3 day ago
标题: 请问如何为金属酶的金属中心及其第一配位层定义charmm拓扑参数
本人QM/MM小白，欲用charmm做体系的setup工作，在将金属酶及其第一配位层定义成一个大的残基后，由于官方库缺少相关参数，需要添加相关参数，请问我该如何获取，是否可以通过只保留金属酶及其第一配位层，用charmm的IC BUILD指令得到内坐标,用Gaussian计算电荷再组合的方式得到

作者
Author: student0618 时间: 前天 16:39
如非必要用bonded model，直接用非键模型更省事。

真要用Bonded model，用Amber力场更用易处理，也很普适。

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