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标题: 对于大约有300-400原子的机械互锁分子，如何去优化结构？ [打印本页]

作者
Author: Theresa 时间: yesterday 18:11
标题: 对于大约有300-400原子的机械互锁分子，如何去优化结构？
老师好，我是一个计算化学新手，可能提问得很不专业。
有个没有养出来晶体的分子，这是机械互锁分子，有pai-pai堆积的弱相互作用力。我需要在高斯上搭模型然后进行优化结构，但是跑了很久也没有跑出来，第一次在超算上跑了八小时显示内坐标的问题（Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /home/software/gaussian/zhengshizu/ g16 /l103.exe at Wed Apr 150）我又试了一下把log文件第二次提交了，第二次跑了18个小时优化了130步还没有优化完就先取消任务了，怕浪费机时。
第一次的命令是opt freq b3lyp/6-31g(d,p) em=gd3bj
第二次的命令是 %mem=64GB
%nprocshared=24
# opt=tight freq b3lyp/6-31g(d,p) em=gd3bj
目前的能量图这样。
感谢大家的解答。

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作者
Author: -HMDS- 时间: yesterday 19:10
本帖最后由 -HMDS- 于 2026-4-17 13:58 编辑

没必要给氢加极化

分子太大建议力场或者3-21G走一遍，然后再拿得到的结构做b3lyp/6-31g(d)级别的计算。

如果是纯CHO的结构的话，推荐wB97系列方法，对于弱相互作用会比其他的方法强很多。

可以的话，考虑在ORCA上算，ORCA在定义了合适的辅助基组后效率可以大大提升，而且个人使用体验来说，ORCA做SCF的效率要比Gaussian高不少。

作者
Author: Theresa 时间: yesterday 19:15

-HMDS- 发表于 2026-4-17 19:10
没必要给氢加计划

分子太大建议力场或者3-21G走一遍，然后再拿得到的结构做b3lyp/6-31g(d)级别的计算。
...

谢谢你！我去试一下。

作者
Author: Voidmio 时间: yesterday 20:50
初猜搭的好吗，是晶体里抠出来的吗，没有考虑先搜一下构象？

作者
Author: Theresa 时间: yesterday 20:55

Voidmio 发表于 2026-4-17 20:50
初猜搭的好吗，是晶体里抠出来的吗，没有考虑先搜一下构象？

不是晶体里面抠出来的，这个没有养出来晶体。

作者
Author: -HMDS- 时间: yesterday 21:10

Theresa 发表于 2026-4-17 13:55
不是晶体里面抠出来的，这个没有养出来晶体。

这种情况下你大概率要先在力场里面做一下构象搜索，不然你们办法确认初始结构是否接近全局最小点。

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