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标题: gmx模拟中水合物在盒子中间震荡应该如何解决？ [打印本页]

作者
Author: yue888cow 时间: yesterday 13:08
标题: gmx模拟中水合物在盒子中间震荡应该如何解决？
跑完md模拟后，vmd直观观察发现水合物晶体并不在盒子中保持固定，而是上下震动
如下面视频，视频来源https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.langmuir.4c03852
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md.mdp中已使用comm_mode Linear 和comm_grps System去平动
问题1：请问如何能做到像下面一样，水合物老老实实不上下震动？
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问题2：仅使用上述整体去平动是否会带来控温不严格？还是说这种震动本来就是正常的，第二个视频仅仅是动画效果？
下面是我导出整个系统的温度变化（设定为260K）
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作者
Author: student0618 时间: yesterday 16:36
后处理轨迹用trajconv先对齐看看

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