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标题: 求助，QM/MM计算蛋白PCET过程遇到能量曲线骤降的问题 [打印本页]

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Author: DevilYuan 时间: 2026-4-18 22:59
标题: 求助，QM/MM计算蛋白PCET过程遇到能量曲线骤降的问题
各位大佬，我现在在用chemshell的QM/MM计算蛋白的pcet过程，用反应路径扫描的方法，限制的是质子转移的两个键长之差，用的泛函是wb97xd，基组是6-31G**。反应是Y373+ W322·⁺ +D321- → Y373· +W322+D321·H。扫描结果如图所示。最高点计算了频率发现只有一个虚频。过了最高点后，能量和自旋分布会发生骤变，最高点前后的构象会有突然的变化，导致曲线不平滑。应该是发生了电子态切换，SSCF 跟到了另一支解，导致能量、构型和自旋分布一起突变。用B3LYP的话，初始态的两个残基的自旋密度分布不对，用M062X和CAM-B3LYP也是这个情况。我现在应该怎么做才能使得能量曲线和构象变化变得平滑，得到正确的反应路径能量曲线。

作者
Author: haoguoyuerban 时间: 2026-6-7 11:10
我最近也用DFT扫描金属配合物的PCET反应也遇到了类似问题，请问您得到解决方案了吗？谢谢！

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Author: haoguoyuerban 时间: 2026-6-7 11:16

haoguoyuerban 发表于 2026-6-7 11:10
我最近也用DFT扫描金属配合物的PCET反应也遇到了类似问题，请问您得到解决方案了吗？谢谢！

CDFT(constrained DFT)可能是一种办法。您用的chemshell连接的是什么QM软件?

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Author: DevilYuan 时间: 2026-7-27 17:14

haoguoyuerban 发表于 2026-6-7 11:16
CDFT(constrained DFT)可能是一种办法。您用的chemshell连接的是什么QM软件?

我用的chemshell3.7.2的tcl版本，连接的是NWCHEM，因为NWCHEM能做CDFT，但是只能做单点能，因为自旋相关的没有梯度计算，你要是只涉及电荷可以试试这个。目前还没有解决这个问题。qchem和chemshell的接口文件太老了，chemshell官网上说不能计算开壳层，py-chemshell倒是可以和cp2k联用，我有试过，但是在进行结构优化时失败了，cp2k和pychemshell的联用文件不是很好写，我感觉我的应该是哪里有问题没有注意。

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