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标题: 在AMBER里运行MD，在heat就开始报错，该如何处理？ [打印本页]

作者
Author: xiaocao37861663 时间: 2026-4-20 16:50
标题: 在AMBER里运行MD，在heat就开始报错，该如何处理？
本帖最后由 xiaocao37861663 于 2026-4-20 18:19 编辑

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我的水盒子是12埃，之前做另外一个体系，只是蛋白突变位点不一样，运行都正常，我把水盒子修改到18埃，还是报错，目前正在用sender跑heat，但还不知道结果怎么样。图2是我heat.in文件，哪里有问题吗？有哪位知道这种情况该如何处理吗？谢谢！

作者
Author: student0618 时间: 2026-4-20 18:17
先看初始结构有没有原子重叠。

再看轨迹是步哪原子出问题，目前轨迹看不出就ntwx设少一点重跑到崩溃看看是哪帧哪原子导致的。

作者
Author: xiaocao37861663 时间: 2026-4-20 19:51

student0618 发表于 2026-4-20 18:17
先看初始结构有没有原子重叠。

再看轨迹是步哪原子出问题，目前轨迹看不出就ntwx设少一点重跑到崩溃看看 ...

谢谢

作者
Author: xiaocao37861663 时间: 2026-4-20 19:52

student0618 发表于 2026-4-20 18:17
先看初始结构有没有原子重叠。

再看轨迹是步哪原子出问题，目前轨迹看不出就ntwx设少一点重跑到崩溃看看 ...

谢谢

作者
Author: KanbeKotori 时间: 2026-4-20 20:29
老生常谈了，溶剂化好后用sander/pmemd(.MPI)跑一小会，待体系密度正常点后就可以换到pmemd.cuda

作者
Author: xiaocao37861663 时间: 2026-4-21 09:47

KanbeKotori 发表于 2026-4-20 20:29
老生常谈了，溶剂化好后用sander/pmemd(.MPI)跑一小会，待体系密度正常点后就可以换到pmemd.cuda

你好，我昨天用sander把heat都跑完了，今天用cuda跑equip第一步，还是运行不了，那就得一直用sander跑吗？谢谢

作者
Author: KanbeKotori 时间: 2026-4-21 15:12
本帖最后由 KanbeKotori 于 2026-4-21 15:13 编辑

xiaocao37861663 发表于 2026-4-21 09:47
你好，我昨天用sander把heat都跑完了，今天用cuda跑equip第一步，还是运行不了，那就得一直用sander跑吗 ...

？如果密度比较正常（0.9-1.0）了还有报错，那确实有可能是结构比较差导致的，可以试着无约束和1fs步长下跑会npt；

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