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标题: GROMACS分析氢键时，显示配体(UNK)没有氢键，但对接结果有氢键，是怎么回事？ [打印本页]

作者
Author: zhixinghen 时间: 2026-4-20 19:39
标题: GROMACS分析氢键时，显示配体(UNK)没有氢键，但对接结果有氢键，是怎么回事？
GROMACS分析氢键时，显示配体(UNK)没有氢键，但对接结果有氢键，是怎么回事？

作者
Author: lyj714 时间: 2026-4-20 19:53
高版本gmx得用gmx hbond-legacy命令，才能和旧版本结果匹配

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-21 08:24
信息非常不充分，没法判断
“对接结果有氢键” 完全没说清楚是怎么回事，是什么结构、哪里体现的有氢键、氢键判据是什么、谁跟谁之间的氢键都没说。认真把下文看了
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

GROMACS分析氢键时组没选对（注意当前是对UNK组内判断的）、默认的氢键判据过严、当前考察的帧里面就是不存在氢键、组的定义错误、你对氢键的认识有问题等等，都可能导致没发现氢键

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