计算化学公社

标题: 怎样处理对共价对接后的复合物在有机溶剂做MD模拟中蛋白质电荷不为0的问题 [打印本页]

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Author: greatti 时间: 2026-4-20 20:50
标题: 怎样处理对共价对接后的复合物在有机溶剂做MD模拟中蛋白质电荷不为0的问题
本人做的是含有非标准氨基酸的但蛋白质的分子动力学模拟（方法参考的是Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：sobtop产生rtp文件 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社），所选的溶剂是甲苯溶剂，因为是该蛋白质是酶与酯共价结合形成的酶酰复合物，在网上查找资料所选用共价对接的PH值为7.4，该PH值下复合物的c端脯氨酸是去质子化的，导致在做分子动力学模拟时复合物的电荷值不为零。请问可以直接在maestro中补齐这个氢做局部能量最小化吗？还是在社长计算resp电荷的教程中使用resp2脚本在计算几何优化之后使用几何优化的fchk文件得到pdb文件。还是通过其他方式防止脯氨酸去质子化使复合物的静电荷为0。如果该帖子表达有问题、不清晰会第一时间修改，请各位批评指正。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-21 10:57
甲苯里不可能去质子化。各氨基酸应当按照电中性质子化状态（体现在结构和拓扑信息层面）做模拟

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Author: greatti 时间: 2026-4-21 12:15

sobereva 发表于 2026-4-21 10:57
甲苯里不可能去质子化。各氨基酸应当按照电中性质子化状态（体现在结构和拓扑信息层面）做模拟

谢谢老师的回答。是的，应该是做共价对接的时候ph值7.4造成的我查了一下pro的pka小于7.4，请问应该怎样设置电中性质子化状态呢？我现在用maestro补了pro的H，是使用pdb2gro的时候使用 -ter -inter逐个设置他的质子化状态吗？我在做对接的时候ph值设置的为7.4。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-21 15:11

greatti 发表于 2026-4-21 12:15
谢谢老师的回答。是的，应该是做共价对接的时候ph值7.4造成的我查了一下pro的pka小于7.4，请问应该怎样设 ...

没有叫pdb2gro的东西
水环境下判断质子化态的那些情况对于甲苯环境完全不适用，说pKa那些都没意义

作者
Author: greatti 时间: 2026-4-21 15:35
本帖最后由 greatti 于 2026-4-21 15:48 编辑

sobereva 发表于 2026-4-21 15:11
没有叫pdb2gro的东西
水环境下判断质子化态的那些情况对于甲苯环境完全不适用，说pKa那些都没意义

是的sob老师，我之前的想法有问题，我还有一些问题想请教sob老师
1、请问电中性质子化状态的指的是蛋白质中每一个氨基酸都不会有质子化状态对吗，
2、那这个时候还可以用amber99sb-ildn力场吗？
3、在做分子动力学模拟的时候和普通的水环境的分子动力学模拟除了判断是否加离子还有什么变化吗？
4、请问sob老师我是不是应该使用-ter -inter手动设置氨基酸的质子化状态。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-21 18:00

greatti 发表于 2026-4-21 15:35
是的sob老师，我之前的想法有问题，我还有一些问题想请教sob老师
1、请问电中性质子化状态的指的是蛋白 ...

1 不解离自己的质子、不额外结合质子
2 AMBER力场是给水溶液环境下模拟设计的。GROMOS 54B7适合模拟这种情况
3 语义不明
4 是

作者
Author: greatti 时间: 2026-4-23 16:21
社长好，有三个问题想请教一下您
1、我看了gromacs力场非标准氨基酸的补充文件和amber的不一样，这很正常，我没有找到教程不敢自己写。还可以继续用amber吗？
2、在使用 -inter参数的时候arg精氨酸并没有中性质子化状态，我可以再做一个非标准氨基酸的力场补充文件吗？
3、我是用resp2脚本算出的非标准氨基酸的电荷总量不为零约为0.041，这是正常的吗，我使用的约束方式为约束两端封端分子为0，总体为0.简而言之就是http://bbs.keinsci.com/forum.php ... digest%26digest%3D1这篇教程的约束方式。如果不正常是哪里出了问题应该如何改正呢？
我本来是截取的非标准氨基酸两端氨基酸残基加氢的封端方式，现在尝试用ace和nme封端，会是这个原因吗？

作者
Author: greatti 时间: 2026-4-23 21:11

sobereva 发表于 2026-4-21 18:00
1 不解离自己的质子、不额外结合质子
2 AMBER力场是给水溶液环境下模拟设计的。GROMOS 54B7适合模拟这种 ...

请问sob老师，我做的是一个在甲苯中的合成酶所以这个复合物是一个中间体，后续对中间体进行采样，然后再做对接，再做模拟，如果使用电中性的质子化状态会对酶活性产生影响吧，怎样最大限度的模拟真实情况呢？全部做电中性处理是可以的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-24 09:40

greatti 发表于 2026-4-23 16:21
社长好，有三个问题想请教一下您
1、我看了gromacs力场非标准氨基酸的补充文件和amber的不一样，这很正常 ...

1、2 没有叫“gromacs力场”的东西，名字最接近的是“GROMOS力场”
AMBER力场不适合非水环境的蛋白质模拟

3 没法说可以忽略
先把对残基拟合RESP电荷标准流程看了，结合实际情况搞清楚是怎么回事，下文都给了例子
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-24 09:41

greatti 发表于 2026-4-23 21:11
请问sob老师，我做的是一个在甲苯中的合成酶所以这个复合物是一个中间体，后续对中间体进行采样，然后再 ...

蛋白质在当前溶剂环境下该是什么状态就用什么状态模拟
先去google搜索了解蛋白质在水、有机溶剂中的结构、质子化状态的知识

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