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标题: 用GROMACS模拟纳滤膜脱盐，为何Na+和Cl-始终无法透过呢 [打印本页]

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Author: jiushizhege 时间: 9 hour ago
标题: 用GROMACS模拟纳滤膜脱盐，为何Na+和Cl-始终无法透过呢
本帖最后由 jiushizhege 于 2026-4-21 13:13 编辑

请问各位老师，我目前正尝试用分子动力学模拟研究一个纳滤膜脱盐的过程。我模拟了聚酰胺（PA）膜在高压下对NaCl溶液的脱盐过程，但遇到了问题。我使用sobtop建立itp文件，参数是通过bond和angle参数基于Hessian得到，其它部分用GAFF的设置盒子尺寸约5.54×5.65×28（含真空层） nm³。中心为4 nm厚的PA膜。左侧进料室含~0.4M NaCl、57个抗生素分子和16000个水分子，右侧渗透室含 5500个水分子。通过活塞施加1 bar压力进行1 ns(eq_1ns.mdp)平衡，最终在150 MPa外压下进行30 ns生产(md.mdp)，但无论平衡还是生产阶段，进料室中的Na⁺和Cl⁻始终无法穿过PA膜。请问各位老师可能是什么原因导致了离子完全无法透过呢？这是我跑完的md.mdp的gro的图片

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这是我的文件
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