计算化学公社

标题: Gaussian计算的电荷结果替换CGenff生成的小分子配体电荷参数时，是否要加入SMD条件？ [打印本页]

作者
Author: yifangye 时间: 6 hour ago
标题: Gaussian计算的电荷结果替换CGenff生成的小分子配体电荷参数时，是否要加入SMD条件？
   我想学习并复现PNAS 2024 年文章 Entropy drives the ligand recognition in G protein-coupled receptor subtypes，https://doi.org/10.1073/pnas.2401091121中关于量化计算和MD的部分，在他们MD方法中写明，配体电荷使用 Gaussian16，在 B3LYP-GD3(BJ)/def2TZVP//B3LYP-GD3(BJ)/TZVP水平计算，其余参数来自 CGenFF。量化部分方法中最初也表示为B3LYP-GD3(BJ)/def2TZVP条件，但是在我阅读补充材料中发现他们在补充材料的量化部分写明了stationary points 的自由能部分标注了 SMD，我已经完成了B3LYP-GD3(BJ)/def2TZVP条件计算，
  但是不清楚文中用于替换的原子电荷具体采用的是哪一种方案？哪一种方案更合适一些例如 RESP、ESP/MK、CHELPG、NBO/NPA或其他方法？哪一种方法更加合适？

  在替换配体电荷的时候是否也需要用SMD条件？但是他们也省略未写明？或者为什么气相条件更加合适这种情况？
  注：补充材料除第一份写明方法文件的pdf和一份表格可以正常下载，其余48份文件可以下载但无法正常分卷解压。
已经尝试练习本文的通讯作者礼貌提问，但是等待了一段时间未得到回复，所以才来打扰大家向大家求助。感谢大家的阅读和帮助，本贴的内容有些交叉分子模拟和量化，分区可能有不合适的地方，还望管理员看到了如果觉得分区不正确帮忙转移，如果大家对他们的方法和分析有看法也可以发表，很期待得到大家的讨论，再次感谢。

作者
Author: sobereva 时间: 6 hour ago
CGenFF有自己的确定原子电荷的方法，其中复杂的方法是优化原子电荷以尽可能重现量子化学计算的分子与水的相互作用能，其中简单的方法是用键电荷校正方式经验地产生。但原理上也不是不能搭配其它适合动力学模拟的原子电荷，如RESP、ADCH。我没时间看此文，如果作者在正文和SI里就是没说清楚怎么弄的原子电荷，在这里问其他人也白搭。如果有不止一个通讯作者，再问另一个。要么就别纠结于非得获得和作者完全一样的原子电荷。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)