计算化学公社

标题: 求助混合磷脂膜模拟，eq与prod的区别 [打印本页]

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Author: lele123 时间: 7 hour ago
标题: 求助混合磷脂膜模拟，eq与prod的区别
根据分子动力学与GROMACS培训班中，sob老师提供的mdp文件，eq中Pcoupl = Berendsen，prod中Pcoupl = parrinello-rahman。看到公社其他帖子说“还没平衡是别用PR压浴，用berendsen”（求助：对体系控压的时候盒子变得越来越大、分子跑得特别远，怎么办？ - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社）。所以有一个疑问，既然eq也要体系达到平衡才能进入prod，如果我仅仅需要平衡后的膜结构去做膜蛋白的嵌入和模拟，并不需要观察分析混合膜的具体特征变化，是否只做eq并且体系达到平衡就可以，而省略prod？

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Author: sobereva 时间: 5 hour ago
可以

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Author: lele123 时间: 5 hour ago

sobereva 发表于 2026-4-23 15:42
可以

谢谢老师。老师，prod的意义是否在于专门研究膜结构特征变化？能否这样理解：eq相当于蛋白模拟中的pr（只不过更为严格），prod相当于蛋白模拟中的md？

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Author: sobereva 时间: 2 hour ago

lele123 发表于 2026-4-23 16:35
谢谢老师。老师，prod的意义是否在于专门研究膜结构特征变化？能否这样理解：eq相当于蛋白模拟中的pr（只 ...

但凡膜的特征在MD过程中还在明显变，就没法叫一般意义的prod
“prod相当于蛋白模拟中的md？” 语义不明。认真看下文第20部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

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