计算化学公社

标题: 盐酸盐类手性有机化合物ORD计算，构象搜索的问题 [打印本页]

作者
Author: timefree 时间: 2026-4-24 08:54
标题: 盐酸盐类手性有机化合物ORD计算，构象搜索的问题
各位老师：

我想使用gaussian对如下这个盐酸盐化合物进行ORD计算（实测溶剂是甲醇），那我在构象搜索时，构建的模型是A结构的游离态，还是B结构的离子态呀？

谢谢大家！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2026-4-24 09:42
要算B，因为由有机常识可知胺类的碱性比较强，普通铵盐溶于中性的水、醇溶剂，绝大部分不电离。
此外这个盐和溶剂有强氢键，为求计算准确，建议做显式溶剂化

作者
Author: timefree 时间: 2026-4-24 10:04

wzkchem5 发表于 2026-4-24 09:42
要算B，因为由有机常识可知胺类的碱性比较强，普通铵盐溶于中性的水、醇溶剂，绝大部分不电离。
此外这个 ...

谢谢老师。我试着用Spartan软件分别对A和B结构进行构象搜索，两者搜出的构象数差别很大。

另外，您说的显式溶剂化指的是什么？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2026-4-24 12:48

timefree 发表于 2026-4-24 10:04
谢谢老师。我试着用Spartan软件分别对A和B结构进行构象搜索，两者搜出的构象数差别很大。

另外，您说 ...

在这个论坛搜“显式溶剂化”，有大量的解释和讨论

作者
Author: timefree 时间: 2026-4-24 15:19

wzkchem5 发表于 2026-4-24 12:48
在这个论坛搜“显式溶剂化”，有大量的解释和讨论

谢谢老师！

作者
Author: wal 时间: 2026-4-24 15:30
上周做了一个构象权重ECD，结构是某抗生素盐酸盐，一开始没留意直接上了，算出来发现峰形不太对，后面想起来里面一个噻唑是可以质子化的，加上这个之后再构象权重算出来光谱就正常了
要早点有这一贴就好了hhh

作者
Author: timefree 时间: 2026-4-25 13:56

wal 发表于 2026-4-24 15:30
上周做了一个构象权重ECD，结构是某抗生素盐酸盐，一开始没留意直接上了，算出来发现峰形不太对，后面想起 ...

我也是最近在计算盐酸盐类化合物的ECD/ORD，确实得考虑质子化的问题。另外，您在构象搜索的时候，有没有发现游离态和离子态搜出来的构象数差别很大呀？

作者
Author: wal 时间: 2026-4-25 15:23

timefree 发表于 2026-4-25 13:56
我也是最近在计算盐酸盐类化合物的ECD/ORD，确实得考虑质子化的问题。另外，您在构象搜索的时候，有没有 ...

有的我那个体系游离态聚类完剩3构象质子化之后聚类完硬生生干到十几个

作者
Author: zhr123 时间: 2026-4-25 21:48

wal 发表于 2026-4-24 15:30
上周做了一个构象权重ECD，结构是某抗生素盐酸盐，一开始没留意直接上了，算出来发现峰形不太对，后面想起 ...

老师，有没有遇到在构象搜索时候运行半天都没完成，没得到构象的情况啊，如图

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