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标题: 求助使用CP2K计算MXene键常数用于Gromacs模拟 [打印本页]

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Author: 飞翔的胖吉 时间: 10 hour ago
标题: 求助使用CP2K计算MXene键常数用于Gromacs模拟
请教一下困扰我很久的问题。

我想模拟 ( TiCOFe ) 组成的MXene的拉伸模拟，但是构建的top文件无法正常描述结构。
我的模拟流程如下，请大佬们看一下问题出在哪里。

1. MXene初始晶胞文件，使用multiwfn，构建结构优化opt.inp文件。（仅结构优化，非变胞优化）
2. 优化后的.restart文件，扩胞1x2x1后得到121.pdb，并生成振动分析freq.inp文件
3. 使用CP2K运行振动分析后，得到freq.out文件
4. 将freq.out 和 121.pdb 导入sobtop构建top文件。

所有的文件，作为附件上传。
请帮忙看一下是否是哪里的参数设置有问题

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