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标题: 做电子密度差分图时考虑的跃迁组成 [打印本页]

作者
Author: 虎王 时间: 2015-1-7 22:12
标题: 做电子密度差分图时考虑的跃迁组成
请问在做反映基态向激发态跃迁过程的电子密度差分图时，是用激发态的总电子密度减去基态的吗？还是只考虑跃迁组成不低于2%的？
在进行TD-DFT计算时，每个电子态跃迁都可能对应一系列轨道跃迁组合，每个轨道跃迁组合的跃迁系数平方乘以二，就是跃迁组成。
但输出文件（log）文件中只会列出跃迁组成不低于2%的，所以做电子密度差分图时，是否不考虑跃迁组成小于2%的？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-7 22:46
如果你是通过Multiwfn和.wfn文件，令激发态的密度减去基态的密度，那么可以认为所有轨道跃迁全都考虑了。（实际情况更复杂些，默认情况下Gaussian产生的激发态密度是弛豫的密度，因此还有额外的处理，但这就是题外话了）
如果你是通过Multiwfn的electron-hole分析功能来绘制密度差图，那么考虑多少轨道跃迁，就看Gaussian输出文件里记录了多少轨道跃迁。默认只输出系数绝对值大于0.1的，此时密度差图不准确，需要用比如IOp(9/40=4)输出更多的系数结果才准确。

作者
Author: 虎王 时间: 2015-1-7 22:55
就是前者，用Multiwfn得到cub文件，然后用GV画图。顺便问一下，用GaussView做这种图时蓝色是电子密度减小，紫色是电子密度增加吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-1-7 23:19
你用Multiwfn产生电子密度cube文件，放到gv里显示等值面，看到的颜色就是正值区域的颜色。然后密度差的等值面图中哪些区域是正是负就清楚了。
正的就是激发后电子密度增加区域，负的就是减小区域

作者
Author: 虎王 时间: 2015-2-6 22:38

sobereva 发表于 2015-1-7 23:19
你用Multiwfn产生电子密度cube文件，放到gv里显示等值面，看到的颜色就是正值区域的颜色。然后密度差的等值 ...

试过之后发现，正值的电子密度图就是紫色的。在这里写下，希望对有类似问题的后来者有帮助。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-2-7 08:17
preference-colors-surface colors里也可以设定对于不同情况的等值面的颜色，左侧的颜色就是正值，右侧是负值。

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2015-3-7 06:25
Multiwfn激发态跃迁过程的电子密度差分图有相关发表的文献吗？若有，能给个链接吗？

作者
Author: 虎王 时间: 2015-4-23 13:34

sobereva 发表于 2015-1-7 22:46
如果你是通过Multiwfn和.wfn文件，令激发态的密度减去基态的密度，那么可以认为所有轨道跃迁全都考虑了。（ ...

用IOp(9/40=3)是否可以？
之前没注意看，一直写成IOp(9/40=3)。是否需要重算？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-23 14:54

虎王发表于 2015-4-23 13:34
用IOp(9/40=3)是否可以？
之前没注意看，一直写成IOp(9/40=3)。是否需要重算？

对于图形描述一般不会有什么问题，看不出差异来。

如果你计算electron和hole格点数据后屏幕显示的积分值偏离1比较明显，说明设成3有点小，如果偏离1不明显就无所谓。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-23 14:59

ZHANGZY 发表于 2015-3-7 06:25
Multiwfn激发态跃迁过程的电子密度差分图有相关发表的文献吗？若有，能给个链接吗？

这样的文章太多了，目前引用Multiwfn的600篇文章里大抵有二三十篇都是这样做的。由于文章太多，具体是哪些文章这么做我一时没法完全找出来。本版有个引用multiwfn的451篇文章的合集可以下载，可以用acrobat的目录里全部pdf搜索功能在里面搜。

手头能直接找到的是这两篇：
J Mol Model (2014) 20:2309
DOI: 10.1039/C4CP03355H

作者
Author: 虎王 时间: 2015-4-23 15:05

sobereva 发表于 2015-4-23 14:54
对于图形描述一般不会有什么问题，看不出差异来。

如果你计算electron和hole格点数据后屏幕显示的积分 ...

您指的是看以下数据：
There are 20 transition modes, analyze which one?  e.g. 2
1
Multiplicity of this excited state is 3
Excitation energy is 3.9452000 eV
There are 3179 orbital pairs in this transition mode
The sum of square of excitation coefficients:  0.508537
The negative of the sum of square of de-excitation coefficients: -0.009812
The sum of above two values  0.498725

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-23 15:39

虎王发表于 2015-4-23 15:05
您指的是看以下数据：
There are 20 transition modes, analyze which one? e.g. 2
1

不是这个，是指之后选0计算格点数据之后显示的。
但你看你提贴的这个也可以，最后一行偏离0.5太大说明离归一化条件偏得较远。当前偏离比较小，可以忽略。

作者
Author: 虎王 时间: 2015-4-23 20:40

sobereva 发表于 2015-4-23 15:39
不是这个，是指之后选0计算格点数据之后显示的。
但你看你提贴的这个也可以，最后一行偏离0.5太大说明离 ...

如果The sum of above two values 超过0.498，是否就可以接受？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-23 21:04

虎王发表于 2015-4-23 20:40
如果The sum of above two values 超过0.498，是否就可以接受？

可以

作者
Author: 虎王 时间: 2015-4-26 11:08

sobereva 发表于 2015-4-23 21:04
可以

那加了IOP(9/40=4)之后，有的激发态会出现 The sum of above two values 0.500002，也就是超过了50%，这也正常吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-4-26 18:23

虎王发表于 2015-4-26 11:08
那加了IOP(9/40=4)之后，有的激发态会出现 The sum of above two values 0.500002，也就是超过了50%，这 ...

正常

作者
Author: 虎王 时间: 2015-8-13 21:18

sobereva 发表于 2015-1-7 22:46
如果你是通过Multiwfn和.wfn文件，令激发态的密度减去基态的密度，那么可以认为所有轨道跃迁全都考虑了。（ ...

Multiwfn 3.3.7的用户手册的3.21.1.2 Input file 中提到“it is suggested to add IOp(9/40=5) keyword in the route section” ，但IOp(9/40=4)应该就够了吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-8-15 02:41

虎王发表于 2015-8-13 21:18
Multiwfn 3.3.7的用户手册的3.21.1.2 Input file 中提到“it is suggested to add IOp(9/40=5) keyword i ...

一般来说够了。具体看看在Multiwfn里显示的归一化的值，如果=4时偏离还明显，就用=5。

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