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标题: atomsk建模多晶水合物问题 [打印本页]

作者
Author: freshman-gromac 时间: 3 hour ago
标题: atomsk建模多晶水合物问题
各位大佬，我想要用atomsk搭建一个多晶二氧化碳水合物模型，现在遇到了问题，1.我通过atomsk --polycrystal SI_newCO2-H2O.cif polycrystal.txt final.pdb -wrap这个命令搭建了一个60*60*60由两个晶粒构成的模型，但是发现模型中有不完整的水分子和二氧化碳分子，在pdb文件中水不全是O,H,H排序，二氧化碳不全是C,O,O排序，具体的pdb文件如图一所示，我想要对该模型进行分子动力学模拟，但是水不全是O,H,H会报错，这些不完整的分子导致无法进行MD模拟。

我进行了如下操作：我把这些不完整的分子删除了，但是删除不完整分子后的模型在边界处显示周期性时会有明显的不连贯，导致边界处不满足周期性，这种情况下我还能继续使用周期性边界条件进行后续的弛豫过程吗。
现在遇到的这个情况要如何解决，我想要对多晶二氧化碳水合物进行MD模拟，能提供一个可行的方案吗？万分感谢。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2 hour ago
我只听说过atomsk建模简单原子/离子晶体的例子。楼主是从哪里得到的印象该软件设计也能兼容分子晶体的，有没有出现该说法的文献或者教程出处？

水合物建模这方面还是genice比较专业，至于多晶怎么处理或许可以发邮件问问genice的作者。

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