计算化学公社

标题: 为什么通过PBS作业管理系统提交的cp2k-2026.1作业存在CPU各干各的情况？ [打印本页]
作者
Author: 13799725819    时间: yesterday 23:10
标题: 为什么通过PBS作业管理系统提交的cp2k-2026.1作业存在CPU各干各的情况？
本帖最后由 13799725819 于 2026-4-26 23:57 编辑

我在Ubuntu 18.04.6系统上安装了cp2k-2026.1程序，安装过程参考了Sob老师的网页（sobereva.com/586），也自动安装上了OpenMPI程序；
然后我使用PBS作业管理系统进行cp2k作业的投递，使用了12个物理核，PBS脚本见附件；
输入文件下载自CP2K官网（howto:static_calculation [CP2K Open Source Molecular Dynamics ]，见附件）；
该作业可以进行计算，但是我发现主输出文件（.out）中12个物理核在做相同的事情，并重复输出数据（见附件//图片）。

请问，问题出在了什么地方，以及怎么解决呢？谢谢！


补充：
在投递作业时，不source setvars.sh会报错（见附件）。
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: yesterday 23:17
  1. ## export cp2k-2026.1 path
  2. source /software/cp2k/cp2k-2026.1/tools/toolchain/install/setup
  3. export PATH=$PATH:/software/cp2k/cp2k-2026.1/exe/bin
  4. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/software/cp2k/cp2k-2026.1/exe/lib

  6. ## export intel MKL path
  7. source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
复制代码
/opt/intel/oneapi/setvars.sh里面是不是除了MKL以外还有Intel OneAPI里编译器、MPI等相关的设置，在安装工具链及编译CP2K本体之前有没有source这个setvars.sh？
作者
Author: 13799725819    时间: yesterday 23:29
本帖最后由 13799725819 于 2026-4-26 23:43 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-4-26 23:17
/opt/intel/oneapi/setvars.sh里面是不是除了MKL以外还有Intel OneAPI里编译器、MPI等相关的设置，在安装工 ...

系统上很久以前安装的Intel MKL，会有Intel oneAPI DPC++/C++ Compiler & Intel C++ Compiler Classic等的安装，在setvars.sh中没有搜索到“MPI”字段。
在安装工具链及编译CP2K本体之前并没有source这个setvars.sh，只是在投递作业时提示“找不到intel MKL”的报错，然后在PBS脚本中才加入的这个source语句，就不再出现“找不到intel MKL的报错”了。
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: yesterday 23:43
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2026-4-27 00:24 编辑
13799725819 发表于 2026-4-26 23:29
安装Intel MKL时，有Intel oneAPI DPC++/C++ Compiler & Intel C++ Compiler Classic等的安装。
在安装 ...

哪个程序在什么地方报错找不到Intel MKL，可以贴出具体的提示信息吗？按理说一开始就没有设置$MKLROOT环境变量的话toolchain不会去找MKL库。如果服务器没有提供module之类的专业环境管理工具，你也不完全清楚怎么样只让Intel MKL生效而不连带着启动Intel编译器、MPI，而且toolchain编译时就是用的如GNU编译器+OpenMPI等其他环境的话，完全没有用MKL安装工具链和CP2K的必要，不应该在提交作业脚本source这个setvars.sh。

我说的“有没有source”不止包括手动在命令行输入这个source指令，也包括~/.bashrc（用户）或/etc/profile（全局）等一登录系统就默认执行的命令。并且留心服务器可能有用户登录节点和作业计算节点的区别。

编辑：如果保存有toolchain的输出信息的话，请检查有没有Finding MKL from system paths的内容，有的话MKLROOT是哪个目录。




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