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标题: 求助：金属配合物-蛋白体系计算MMPBSA报原子类型错误 [打印本页]

作者
Author: crush 时间: 14 hour ago
标题: 求助：金属配合物-蛋白体系计算MMPBSA报原子类型错误
各位老师好，我的体系是常规蛋白+金属配合物（金属镓Ga），金属配合物的拓扑文件是参考sob老师的两篇教程: 1.http://sobereva.com/635 2. http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex4 使用Multiwfn3.8(dev)和sobtop1.0 dev5 做的。前期的Gaussian 优化和振动分析、RESP电荷计算、拓扑文件产生、Gromacs动力学模拟都没问题，配合物的结构保持的也不错。（金属仅与配体有配位，与蛋白无配位）

在动力学模拟结束后，使用gmx_MMPBSA计算金属配合物与蛋白的结合自由能时，出现了原子类型的错误：“bad atom type: UF”
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请问这个要如何解决，谢谢各位老师

作者
Author: sobereva 时间: 12 hour ago
不认UF原子类型（sobtop里UFF力场原子类型名字）
金属如果被配体充分包裹，其参数对结合自由能影响甚微，可以找个GAFF支持的元素暂时替换

作者
Author: crush 时间: 12 hour ago

sobereva 发表于 2026-4-27 11:09
不认UF原子类型（sobtop里UFF力场原子类型名字）
金属如果被配体充分包裹，其参数对结合自由能影响甚微， ...

好的，谢谢sob老师，金属Ga确实被配体分子包裹的很严实。我按照您的方法去试试

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