计算化学公社

标题: 求助：脂肪酸修饰肽链/支链多肽建模方法 [打印本页]

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Author: K1ro 时间: yesterday 21:52
标题: 求助：脂肪酸修饰肽链/支链多肽建模方法
本帖最后由 K1ro 于 2026-4-27 21:53 编辑

尊敬的各位前辈、老师，大家好！本人最近接触蛋白质建模不久，希望向各位请教一个多肽建模的问题：
目前有一个30+氨基酸残基的多肽想要建模，后续通过Gromacs跑MD计算。但目前建模出现了困难：在中间某个赖氨酸上，其侧链-NH2上连接了两个小分子作为linker，后连接了一条较长的脂肪酸链（类似司美格鲁肽结构，司美格鲁肽结构如图所示）。
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起初我的想法是：1、在Gaussview里把这个侧链画好连上，生成mol2文件，再用openbabel转为pdb文件
2、把这两个小分子linker、脂肪酸链都作为非标准氨基酸残基，算封端后约束的RESP电荷，然后自己写rtp和hdb文件
3、通过pdb2gmx对pdb文件补氢，生成拓扑文件等（相当于把这个多肽当作有一个支链的肽）
然而，在第一步就出现了问题，画好mol2后，openbabel转出的pdb文件没法很好地识别氨基酸残基，不仅不能很好识别这个支链，原来主链的很多氨基酸残基都不能很好地按原有顺序识别了。在网上查找了一些教程，如sob老师的687博文（http://sobereva.com/687），但是好像也都只能生成线性肽。
在此，想请教各位大神是否有比较好的方法做这个多肽的建模和Gromacs需要的拓扑文件？或许我这个支链肽的解决方向不是很好，还请各位批评指正，多多提出建议，在此感激不尽，谢谢！

作者
Author: student0618 时间: yesterday 21:58
Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

作者
Author: K1ro 时间: yesterday 22:04

student0618 发表于 2026-4-27 21:58
Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthr ...

老师您好，我之前做过非标准氨基酸残基的rtp和hdb文件构建，流程跟您提供的帖子一致的。但现在觉得赖氨酸上这一大坨作为一个残基太大了，手动改这些按IUPAC命名也很麻烦，所以才尝试把它作为支链肽上好几个残基来做；目前的主要问题是在支链肽好像不能在格式转化时很好地识别残基（？）

作者
Author: KazusaT 时间: 5 hour ago
本帖最后由 KazusaT 于 2026-4-28 02:02 编辑

K1ro 发表于 2026-4-27 22:04
老师您好，我之前做过非标准氨基酸残基的rtp和hdb文件构建，流程跟您提供的帖子一致的。但现在觉得赖氨酸 ...

pdb2gmx只能处理线性结构，我认为作为支链多此一举，费力不讨好。而且不修改为IUPAC命名也可以，只需要恰当的修改主链上的几个原子名称就可以了。
如果你实在想做成支链，我的建议是参考二硫键的处理方式写specbond文件

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