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标题: 单个UIO-66能量最小化之后，itp参数不好，整个分子缩成一团，如何优化？ [打印本页]

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Author: mtlin 时间: yesterday 22:02
标题: 单个UIO-66能量最小化之后，itp参数不好，整个分子缩成一团，如何优化？
老师们，我现在仅模拟单个UIO分子，如下图1和2所示：
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现在遇到的问题是，能量最小化后，原子都缩成一团了，如图3所示：
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按照我现在的经验来说，这是itp参数不行，但是现在找到的方法都不行，第一种是根据：sobtop+GROMACS模拟MOF、COF体系时可以用的快速计算原子电荷的方法：PACMAN http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 46231&fromuid=53383
(出处: 计算化学公社)
根据算出来的原子电荷结合sobtop得到了相关参数。
第二种是利用网站Autoff, 使用的是UFF4MOF力场得到的相关参数，同样是上面的模拟结果
想请问大家，应该如何优化此UIO-66的相关参数呢？

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Author: sobereva 时间: 4 hour ago
把sobtop主页（http://sobereva.com/soft/Sobtop）里各种产生周期性体系拓扑文件的例子一个字一个字认真看了，弄清楚怎么让sobtop能正确获得跨盒子的键的信息。倘若拓扑信息里跨盒子的键都不存在，体系成了孤立体系，当然能量极小化时会变形、坍塌

作者
Author: mtlin 时间: 2 hour ago

sobereva 发表于 2026-5-3 07:55
把sobtop主页（http://sobereva.com/soft/Sobtop）里各种产生周期性体系拓扑文件的例子一个字一个字认真看 ...

卢老师，已经是按照例10和FAQ 14考虑了周期性了，所以才想不懂为什么还会缩成一团

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Author: mtlin 时间: 1 hour ago

mtlin 发表于 2026-5-3 09:40
卢老师，已经是按照例10和FAQ 14考虑了周期性了，所以才想不懂为什么还会缩成一团

而如果是同样的方式取得UIO-66板（5 x 5 x 1）的拓扑文件，进行的任何模拟都没有此类问题

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