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标题: cp2k结构优化求助 [打印本页]

作者
Author: 王可昕 时间: 3 hour ago
标题: cp2k结构优化求助
我的硅纳米片是半羟基取代的，现在要负载上金属，比如金。我先尝试了一个金负载在硅纳米片上，然后用cp2k进行结构优化，我的inp文件如下所示

&GLOBAL
  PROJECT SiOH_Au                      ! 项目名称
  RUN_TYPE GEO_OPT                      ! 计算类型：结构优化
  PRINT_LEVEL MEDIUM                   ! 打印信息详细程度
&END GLOBAL

&FORCE_EVAL
  METHOD Quickstep
  &DFT
POTENTIAL_FILE_NAME  GTH_POTENTIALS
BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
# LSD .TRUE.
&MGRID
   CUTOFF 600                      ! 平面波截断能 (Ry)
   REL_CUTOFF 65                   ! 相对截断能 (Ry)
&END MGRID
&SCF
   SCF_GUESS ATOMIC

   EPS_SCF  1.0E-6                   ! SCF收敛标准
   MAX_SCF  40                      ! 最大SCF迭代次数
#    &SMEAR
#       METHOD FERMI_DIRAC
#       ELECTRONIC_TEMPERATURE 0.001       !单位是Hartree，约300K
#    &END SMEAR
   &OT
ALGORITHM IRAC
      PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE
      MINIMIZER CG
   &END OT
   &OUTER_SCF .TRUE.             ! 添加 OUTER_SCF 块,激活外层循环
   EPS_SCF 1.0E-6       ! 外层循环收敛标准，应与内层相同或更严格
   MAX_SCF 10          ! 外层循环最大迭代次数
   OPTIMIZER DIIS       ! 推荐 DIIS 优化器
   &END OUTER_SCF
&END SCF
&XC
   &XC_FUNCTIONAL PBE                ! 交换关联泛函
   &END XC_FUNCTIONAL
   &VDW_POTENTIAL
      POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
      &PAIR_POTENTIAL
      TYPE DFTD3                   ! Grimme D3 色散修正
      REFERENCE_FUNCTIONAL  PBE
      PARAMETER_FILE_NAME  dftd3.dat
      CALCULATE_C9_TERM  .FALSE.
      &END PAIR_POTENTIAL
   &END VDW_POTENTIAL
&END XC
  &END DFT

  &SUBSYS
&CELL
   A  29.028  0.0  0.0
   B  0.0  25.140  0.0
   C  0.0  0.0  26.307
   PERIODIC XYZ
&END CELL
   &TOPOLOGY
   COORD_FILE_FORMAT CIF
   COORD_FILE_NAME si+Au_yuan.cif
   &END TOPOLOGY
&KIND Si
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-PBE-q4
&END KIND
&KIND O
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-PBE-q6
&END KIND
&KIND H
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-PBE-q1
&END KIND
&KIND Au
   BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
   POTENTIAL GTH-PBE-q11
&END KIND
  &END SUBSYS
  &PRINT
&FORCES ON
&END FORCES
  &END PRINT
&END FORCE_EVAL

&MOTION
#  &CONSTRAINT
# &FIXED_ATOMS
#    COMPONENTS_TO_FIX XYZ
#    LIST 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64             ! 固定所有Si原子的序号
# &END FIXED_ATOMS
#  &END CONSTRAINT
  &GEO_OPT
TYPE MINIMIZATION                   ! 优化类型
MAX_ITER 300                      ! 最大优化步数
MAX_DR 3.0E-4                      ! 最大位移收敛标准 (bohr)
OPTIMIZER BFGS
  &END GEO_OPT
  &PRINT
&TRAJECTORY
   &EACH
      GEO_OPT 1
   &END EACH
   FILENAME =optimized.xyz
&END TRAJECTORY
  &END PRINT
&END MOTION
然后优化好之后得到了restart文件和hessian文件，我下一步是不是应该提取成键参数？然后同步进行振动分析？求老师解答之后的流程该是什么样的

作者
Author: 王可昕 时间: 3 hour ago
我的老师让我先做一组出来看看，走一下整个流程，我的后续是想看金负载硅纳米片上之后对过氧化氢的吸附分布的影响？做DFT计算和PDOS

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