计算化学公社

标题: 细胞膜磷脂分子低温模拟情况下势函数优化必要性 [打印本页]

作者
Author: ysrhhhh 时间: yesterday 22:01
标题: 细胞膜磷脂分子低温模拟情况下势函数优化必要性
目前有一个比较纠结的问题想请教一下大家
本人的研究方向是低温生物医学，目前组内有一个神经网络势函数相关的课题需要推进，想的是当前一些主流的、已有的磷脂分子的势函数(比如CHARMM36、lipid等力场)聚焦的主要温度模拟范围还是在生理温度范围内，因为看到比较多的文章都是在比较高的温度范围进行研究，只有部分涉及到较大的温区范围，如最低温到-60℃，但是并没有讨论其低温下模拟的误差问题，当然这也不是那些文章的关注点。在我的研究领域中低温环境中细胞膜的各种特性以及细胞膜和水分子的相互作用甚至是冰晶生长条件下细胞膜的动力学特性都是我们所关注的，因此我有几个问题：
1.不清楚低温条件对于目前势函数的计算准确性影响是什么水平？这里我后续也会去做一些分子动力学模拟去验证一下；
2.我目前想的是-20℃作为最低温去探讨，但是最低也可以到液氮温度-196℃，在这样的温度范围下是不是更有探讨意义；
3.对于磷脂等构象复杂的生物分子，如果是做后续DFT的采样作为数据集是不是比较复杂，因为还没接触过这个领域

；
请大家不吝赐教，因为这个方向我也是小白，不是很了解

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)