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标题: 膜蛋白insert时,出现corrupted unsorted chunks [打印本页]

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lele123    时间: 3 hour ago
标题: 膜蛋白insert时,出现corrupted unsorted chunks
各位老师好,我在做膜蛋白/Mg2+/ATP/药物分子(名称为1224)嵌入DPPC+POPC混合膜时,出现报错信息Error in "gmx":free():corrupted unsorted chunks:,截图如下:

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insert的相关文件在下面这个压缩包: (, 下载次数 Times of downloads: 0)

不知道这个报错是什么原因,应该如何解决?

另外有一点是,因为这个蛋白中间有段loop是未解析的,同源结构中都是如此,因此无法用同源建模补全,但是不影响蛋白质功能。
之前的一次insert时,我没有将蛋白质处理成两条链,insert成功了,但是限制性动力学报错:
ERROR 1 [file pr.mdp]:  The largest distance between excluded atoms is 7.351 nm, which is larger  than the cut-off distance. This will lead to missing long-range  corrections in the forces and energies.
所以之后,我将蛋白处理成两条链,此后就一直出现上述截图中的报错。





作者
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student0618    时间: 2 hour ago
可以用pdbfixer 或 modeller补non-terminal missing loop试试

不知楼主实际建模的步骤,可以试试其他更易用的嵌入膜的程序,如genmixmem http://sobereva.com/245




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