计算化学公社

标题: 分子动力学模拟蛋白质配体复合物时mdp步长求助 [打印本页]

作者
Author: 别说离开我 时间: 4 hour ago
标题: 分子动力学模拟蛋白质配体复合物时mdp步长求助

老师们好，在进行分子动力学模拟蛋白质配体复合物时，我的NVT热浴步长设置为2fs，但后续的NPT压浴和md的mdp文件设置为了1fs，这样合理吗，如果在论文中精确地表示说明出来，会不会不影响，出的各种RMSD,RMSF的图都很完美，还是说平衡时间长一点可以更稳定

作者
Author: student0618 时间: 3 hour ago
平衡时间长度看体系，不能一概而论。柔性高、体系大的，自然需时更长。

一般来说NVT非必要，直接NPT限制性动力学 + NPT 平衡相及产生相就可以了，见谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

步长一般是基于highest frequency vibration决定的，因此用了shake/lincs来constraint氢就可以增加到2fs，也因此如今全原子普遍用2fs步长。

用1fs通常是因为初始结构不理想先用较短步长平衡。生产相较少用，但也不是不行，也有少数特殊情况会用。就是很多时这样用其实有点浪费，一样的时间只模拟一半的模拟时长。

作者
Author: 别说离开我 时间: 3 hour ago

student0618 发表于 2026-5-10 19:59
平衡时间长度看体系，不能一概而论。柔性高、体系大的，自然需时更长。

一般来说NVT非必要，直接NPT限制 ...

好的感谢老师解答，还是对这些掌握不透彻，我仔细看一下这篇博文

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