标题: 跑预平衡是总是出现“larger than the table limit”报错 [打印本页] 作者Author: 天色将晚 时间: 3 hour ago 标题: 跑预平衡是总是出现“larger than the table limit”报错 本帖最后由 天色将晚 于 2026-5-11 01:20 编辑
MD跑短时长预平衡始终出现“larger than the table limit”报错。感谢各位前辈、各位大佬解答。本人尚在学习阶段，学识尚浅，问题过于白痴还请各位海涵0.0
gromacs用的是站内社长编译的2020.6 CUDA GPU加速版，mdp模板主体从autoff网站复制，模拟过程中出现问题后也通过查询站内信息做了各种修改。
目前能量极小化能够顺利完成，卡在预平衡阶段，有几点问题的疑问：
1.预平衡设置是从0K升温到300K线性升温（1ns/100K），V-rescale热浴，Berendsen压浴（tau_p=1/2/5均尝试过），dt始终取0.5，无任何限制。总是在温度达到220K左后出现报错，内容主要为3种： a) Listed nonbonded interaction between particles xx and xx ... which is larger than the table limit, b) Triclinic box is too skewed, c) pressure scaling more than 1%，压力变化报错是最常出现的。截取末尾结构从200K开始升温，则直接出现压力报错。
2.上述情况将Berendsen改为PR压浴后就会好很多，不会出现200K起始报错的情况，但还总是出现“larger than the table limit”报错。每次提示的原子序号也不相同，将PR压浴的tau_p改为1，加大盒子缩放也没有实质效果。感觉能不能跑过去全凭运气
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