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标题: the constrained ab initio MD和 the unconstrained ab initio MD [打印本页]

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-5-20 21:33
标题: the constrained ab initio MD和 the unconstrained ab initio MD
这篇文献里面的这段话里面的限制与非限制从头算分子动力学有什么区别呢？不太懂这段话的意思，麻烦帮忙解释下，谢谢！

作者
Author: HarrisLin 时间: 2017-5-20 21:59
本帖最后由 HarrisLin 于 2017-5-20 22:03 编辑

先聲明我只有大概掃過paper裡關於MD方法和分析的部分
以及以我個人的知識去解讀不代表一定正確

看起來這篇做MD是想分析A-B間在CO2環境下鍵結是否穩定
內文是說做標準的MD 意即應該也是minimization-heating-equilibrium-production
minimization可以想像成降溫(往絕對零度) heating(加熱至目標溫度)

我自己是做蛋白質配體MD
在這步驟都會添加束縛在蛋白和配體上並依序減弱束縛
水盒(這篇是二氧化碳盒)則不添加
束縛的目的是防止研究目標在降溫加熱過程中爆開/破壞
畢竟你一個水盒中就一個研究目標
爆掉了就沒得研究了

所以我估計這篇也是一開始用束縛防爆然後挑後面沒有束縛的部分來分析

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-5-21 13:15

HarrisLin 发表于 2017-5-20 21:59
先聲明我只有大概掃過paper裡關於MD方法和分析的部分
以及以我個人的知識去解讀不代表一定正確

constrained MD就是bluemoon sampling，是一个基本过时了的importance sampling method，作者用来算PMF的

unconstrained MD就是平衡模拟

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-5-22 21:41
如Fig. 3 所示， C2–Cc的距离固定成2.1 Å，为什么可以做随着横坐标C2–Cc的距离变化的平均力势图呢？谢谢！

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