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标题: AlCl3-LiCl熔盐分子动力学模拟过程求助 [打印本页]

作者
Author: KaZikl 时间: 4 hour ago
标题: AlCl3-LiCl熔盐分子动力学模拟过程求助
各位老师好，学生目前在使用CP2K进行AlCl3-NaCl熔盐的黏度模拟过程中遇到一些问题，使用较好的泛函结合基组使用G-K公式仍然不能得到较好的结果，因为并不是课题而是兴趣所致，就是想要尽量准确得到一些物理性质，否则感觉自己几年的硕士生都白费了。
目前因为CP2K这条路走不太通，所以想要通过Gromacs进行分子动力学模拟来黏度等物理性质，很不巧正好没有赶上卢老师的Gromacs课程，想问一下我目前的思路是否正确：
（1）利用高斯或CP2K对AlCl4-离子进行优化，并进行建模（因为AlCl3熔盐中存在的离子形式是AlCl4-）；
（2）将高斯计算出的chk文件转换成fchk文件后，用Multiwin生成个分子的chg文件；
（3）在高斯中构建出的pdb文件的基础上，使用sobtop基于GAFF力场构建itp文件（因为熔盐中存在的离子形式是AlCl4-,Li+,Na+,Cl-，所以不知道这一步是不是可行，单个离子的构建应该如何选择）
（4）撰写包含itp文件的top文件。
（5）做能量最小化计算，其中所输入结构文件是用packmol构建的的那个盒子结构文件
（6）撰写mdp文件运行分子模拟
我通过搜索Google并没有找到适合AlCl3-NaCl熔盐的立场参数(也可能是因为学生不会搜索)
之前看http://bbs.keinsci.com/thread-59232-1-1.html这篇帖子，卢老师有提到过CP2K可以通过FIST进行MD模拟，但是请问这个相比于Gromacs的优势如何，力场参数的选择又是怎么获取，因为学生有一部分的CP2K基础。
同时也有老师提到http://bbs.keinsci.com/thread-22171-1-1.html,ggdh老师提出的这个软件可以用来优化L-J参数，力场采用优化后的LJ这个方向是不是也可行。

作者
Author: sobereva 时间: 4 hour ago
Li+等单原子离子的拓扑信息可以用GROMACS力场目录下ions.itp里的。但对应的LJ参数未必理想，可以自己改[atomtypes]里对应的LJ参数。

GROMACS里描述这样的体系的相互作用涉及的参数在于原子的LJ参数、原子电荷，[AlCl4]-里的bond和angle参数，没别的其它的。原子电荷用Multiwfn得到了，描述范德华作用的LJ参数可以用不同力场的，诸如阳离子用现成的单原子离子力场（GROMACS自带的、Merz的、Madrid-2019的...）、阴离子里的原子用UFF的。bond和angle项不是重点，让sobtop根据m2Seminario等方法通过Hessian算出来也行，或者用sobtop自动猜的也可以。
但如上方式得到的非键参数用于描述熔盐很可能不理想，毕竟范德华势和参数不是专门为熔盐体系搞的，只能凑合试试。结果太烂就得再想办法进一步调。CP2K直接做AIMD的好处是不用事先折腾力场（尽管DFT肯定也有误差，但对体系的描述肯定好于没有对这种体系专门优化的力场），但缺点是模拟的体系小、时间短，很采样容易不充分。

PS：北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）即便赶不上现场参加的时间，也可以按里面说的购买往届资料自学

作者
Author: KaZikl 时间: 3 hour ago

sobereva 发表于 2026-5-13 01:31
Li+等单原子离子的拓扑信息可以用GROMACS力场目录下ions.itp里的。但对应的LJ参数未必理想，可以自己改[ato ...

谢谢卢老师，我之前已经使用CP2K算过一些内容，诸如体系各类离子的原子电荷和AlCl4-这个离子团的键角键长以及其中原子的原子电荷等，请问这些内容是否可以应用到Gromacs中呢，如果需要比较的话，因为AIMD中我已经得到了类似于RDF值，扩散系数，密度等的性质，经过实验也测试了诸如电导率黏度表面张力等性质，是否对各项参数进行微调，比较这些性质就能够比较模拟结果的好坏之分。

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