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标题: 请教AIMD过程原子全部跑出盒子、packmol随机插入生成的初始结构是否合理的相.... [打印本页]

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Author: 以玉名诗 时间: 4 hour ago
标题: 请教AIMD过程原子全部跑出盒子、packmol随机插入生成的初始结构是否合理的相....
各位老师好！我在进行熔盐体系的AIMD模拟时，计算扩散系数发现会比文献中类似体系大一个数量级，故尝试回头找原因。首先我发现模拟结束之后，原子全部跑出了盒子且相距很远，这是不是不是很合理？因为我看很多例子是只有部分原子和镜像盒子有相互交换。
其次，我观察packmol生成的初始结构，发现掺杂的Eu原子相距太近了，后面的运动轨迹几乎是一条直线（橘色运动轨迹，3个Eu在彼此远离），这会不会使其受力计算等结果很不合理呢？如果进一步改进，是应该手动将Eu原子放在不同的地方吗？之后，我用GROMACS分析的msd结果的扩散系数如图，以及我的输入文件也一并给出。请教各位老师我这个还有哪些需要改进的地方呢？

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