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标题: mmpbsa计算结合能差值太大求助 [打印本页]

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Author: xuxiaoxiao 时间: 6 hour ago
标题: mmpbsa计算结合能差值太大求助
体系共3w原子左右，跑了gromacs100nsmd模拟，取了最后的10n用李继存老师的脚本计算了结合能，发现这个值一会正一会负，这是怎么回事。问过ai，周期边界效应，拼接都做过了，还是这样.
小分子rmsd高的原因推测是它是环孢素，为多肽化合物，原子数近200个.

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