计算化学公社

标题: 跑aimd时原子乱跑问题求助 [打印本页]

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Author: ikik 时间: 3 day ago
标题: 跑aimd时原子乱跑问题求助
本帖最后由 ikik 于 2026-5-19 14:24 编辑

各位老师好，最近用packmol搭了个盒子跑aimd（常温常压下npt），模拟结果显示其中有不少原子乱跑，查看.ener文件发现其中有很长时间体系温度非常高，想问问各位老师是不是因为体系温度过高导致原子乱跑的？如果是，能不能在用packmol搭建盒子时加大盒子大小和分子之间的距离来使体系温度不那么高。或者降低.inp文件里热浴器的TIMECON的大小是否可行

各位老师好，这是我的输入文件，我跑aimd的目的是想看看SiAl12这个团簇能不能在[SCN][C4C1im]这个离子液体里稳定存在。

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Author: exity 时间: 3 day ago
加个限制势

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 3 day ago
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2026-5-18 18:01 编辑

没有理由使用限制势。首先检查packmol填充的分子结构是否合理，截图里只看得出硫氰根阴离子和烷基咪唑阳离子，看不出来那个团簇是什么，也没展现有没有盒子、盒子尺寸是否合适。

此外，即使每个分子本身结构合理，由于packmol堆积原子和分子时并不用DFT考虑受力，所以DFT计算时原子仍可能存在近距离接触，受力较大、动能大而温度高并不奇怪，可以先做一下几何优化再跑分子动力学。

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Author: SharkYYX2025 时间: 3 day ago
本帖最后由 SharkYYX2025 于 2026-5-18 20:42 编辑

不太清楚你这个AIMD的目的是研究分子间碰撞还是什么？如果对于当前目的合理的话，可以加大盒子，加大分子间距离（改大packmol inp的tolerance）
需要判断一下计算级别能不能准确描述这个团簇，用的泛函是什么，需要加色散校正吗
然后在模拟之前，可以拿VMD 把显示模式调成VDW，观察一下原子有没有叠在一起（或者严重过近）。模拟中也可以随时看看。我看这个图上原子有重叠，动能过大，此时的模拟不太正常
如果观察到某一步单点能时间异常的长（预示电子结构激烈变化，通常成断键），可以下载轨迹看看是不是模拟已经崩了，还是说这符合你想要的化学键变化。如果崩了，估计后面也恢复不了正轨，逐渐离谱，离谱加倍，那就白跑了...
如果不涉及发文章保密idea，可以上传输入输出文件，方便大家判断具体问题
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Author: sobereva 时间: 3 day ago
先反复检查，确保结构模型本身正确无误，否则都是白搭

先做几何优化再跑动力学。一方面能消除初始模型可能存在的严重斥力，另一方面如计算设定有硬伤（诸如基组/赝势选择不当、SCF收敛情况糟糕、盒子尺寸不合适等等），几何优化阶段往往就会暴露出来，比引入温度效应做动力学时再排查更容易

其它的，没完整输入文件没法判断。

复杂体系跑起来遇到问题，先跑简化体系，反复对照和测试，是明智的做法。

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Author: ikik 时间: 前天 14:43

SharkYYX2025 发表于 2026-5-18 20:39
不太清楚你这个AIMD的目的是研究分子间碰撞还是什么？如果对于当前目的合理的话，可以加大盒子，加大分子间 ...

老师好，我跑aimd的目的是想看看SiAl12这个团簇能不能在[SCN][C4C1im]这个离子液体里稳定存在，我已经把输入文件上传了

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Author: ikik 时间: 前天 14:48

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-5-18 17:54
没有理由使用限制势。首先检查packmol填充的分子结构是否合理，截图里只看得出硫氰根阴离子和烷基咪唑阳离 ...

老师好，那个团簇是AlSi12，每个分子都经过高斯优化了，我这个体系大概有380个原子，想请问一下如果用32核，pbe方法用cp2k优化大概需要多少时间

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Author: ikik 时间: 前天 14:50

sobereva 发表于 2026-5-18 23:33
先反复检查，确保结构模型本身正确无误，否则都是白搭

先做几何优化再跑动力学。一方面能消除初始模型可 ...

谢谢社长回复，我已经上传了我的输入文件

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 前天 16:54
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2026-5-19 16:58 编辑

ikik 发表于 2026-5-19 14:48
老师好，那个团簇是AlSi12，每个分子都经过高斯优化了，我这个体系大概有380个原子，想请问一下如果用32 ...

这个SiAl12团簇（看起来和Superatom里经典的[Al13]-是等电子体？）有实验观察到么，是通过什么物理或者化学的方法产生的，为啥会和离子液体接触，而且一下就放三个使其浓度很高？

如果不熟悉CP2K跑AIMD的操作、不清楚结构是否合理，不如先尝试计算离子液体本身；初始盒子尺寸和填充分子数量尽量由实验密度来定，现在这样有点太稀疏了。

耗时单靠原子数和核数不好估计，还是自行尝试看实际计算的SCF收敛和优化收敛情况吧。另外也得注意其他影响精度的设置，我怀疑CUTOFF才300 Ry可能偏小了。

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Author: sobereva 时间: 前天 20:35

ikik 发表于 2026-5-19 14:48
老师好，那个团簇是AlSi12，每个分子都经过高斯优化了，我这个体系大概有380个原子，想请问一下如果用32 ...

花多少时间要看收敛是否容易、是否中途需要折腾，总耗时能相差好几倍。只能说这条件能算得动
几何优化跑一步的耗时乘以150可以做个粗略的估计
其它的我在上面，以及其他人在上面，基本上该说的都说了

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Author: SharkYYX2025 时间: 前天 22:25
如果想要模拟离子液体环境，这个数量比较不符合实际，溶剂太少了。容易被人质疑，是超超超超级加倍浓溶液，不符合科学常理。。一般经典力场分子动力学根据溶质大小，放几千上万个（以上）溶剂分子，这个DFT肯定放不了那么多，但几个就有点太少了。如果是为了研究团簇在离子液体中的稳定性，不必拘泥于用CP2K
而且PBE-D3BJ能合理描述这个团簇吗，也就是说，假如这个团簇在真空中，尚无离子液体，PBE不会把他优化散架？可以试试单个团簇opt
可以考虑以下方法，把溶剂多放点。放一个团簇，包一堆溶剂。如果放不了这么多，至少溶质溶剂比例1:10 1:20 1:50这样.
构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 http://bbs.keinsci.com/thread-9147-1-1.html
如果opt没问题可以拿GFN1-xTB跑动力学，但也建议先测试一下GFN1-xTB能不能准确描述团簇结构（单个团簇，真空）不散架

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Author: ikik 时间: yesterday 17:00

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-5-19 16:54
这个SiAl12团簇（看起来和Superatom里经典的[Al13]-是等电子体？）有实验观察到么，是通过什么物理或者化 ...

SiAl12算是我导师的突发其想吧，它是否有实验合成我也不知道，其它明白了，谢谢老师

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Author: ikik 时间: yesterday 17:01

sobereva 发表于 2026-5-19 20:35
花多少时间要看收敛是否容易、是否中途需要折腾，总耗时能相差好几倍。只能说这条件能算得动
几何优化跑 ...

明白了，谢谢社长

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Author: ikik 时间: yesterday 17:02

SharkYYX2025 发表于 2026-5-19 22:25
如果想要模拟离子液体环境，这个数量比较不符合实际，溶剂太少了。容易被人质疑，是超超超超级加倍浓溶液， ...

我试试，感谢老师的建议

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