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标题: 绘制FEL_3D自由能形貌图，是用复合物的RMSD、Rg，还是蛋白骨架的RMSD、Rg好呢？ [打印本页]

作者
Author: Rick000000 时间: 前天 15:00
标题: 绘制FEL_3D自由能形貌图，是用复合物的RMSD、Rg，还是蛋白骨架的RMSD、Rg好呢？
各位老师好，请教一个问题，我看有的人用复合物RMSD、Rg绘制3D自由能形貌图，有的则用蛋白骨架的，这两者有啥区别呢？如何选择比较合适呢？

作者
Author: student0618 时间: 前天 15:22
目的是什么？证明什么论点/假设？不是只为绘图而绘图的。

很多时候是为了考察结合如何影响蛋白构象，不同目的要绘的图都不同。例如考察整体构象也有、考察某两个残基距离也有、考察某特定残基二面角也有。

作者
Author: Rick000000 时间: 前天 15:33

student0618 发表于 2026-5-18 15:22
目的是什么？证明什么论点/假设？不是只为绘图而绘图的。

很多时候是为了考察结合如何影响蛋白构象，不 ...

我是作为药物设计的，希望通过FEL_3D找到能量最小的构象在哪一个帧，或者在哪些RMSD和Rg中，提取里面构象仔细分析。

作者
Author: student0618 时间: 前天 17:53

Rick000000 发表于 2026-5-18 15:33
我是作为药物设计的，希望通过FEL_3D找到能量最小的构象在哪一个帧，或者在哪些RMSD和Rg中，提取里面构象 ...

一般情况这目的更常用的做法是cpptraj 作clustering 取代表性的帧就完事了

要用Free energy landscape说明的很多时候都是更specific的事情

作者
Author: Rick000000 时间: 前天 18:04

student0618 发表于 2026-5-18 17:53
一般情况这目的更常用的做法是cpptraj 作clustering 取代表性的帧就完事了

要用Free energy landscape ...

前辈，您前面的那些回答能否详细一点，感觉看完，还是不太清楚后续如何处理。

作者
Author: Rick000000 时间: 前天 18:15

student0618 发表于 2026-5-18 17:53
一般情况这目的更常用的做法是cpptraj 作clustering 取代表性的帧就完事了

要用Free energy landscape ...

那您知道，两者的区别嘛，我根据您的说法，判断我现在做的更适合哪种体系。

作者
Author: student0618 时间: 前天 19:02
不是方法开发的话，应当按目的选方法而非为了使用某方法而选体系，除非那方法是有人(如合理的)要求一定要用的。

不知FEL用什么算的，先了解这样画图可以表达什么、这几个量最低能量构象有什么实际意义、这结果可以用来解答什么问题/支持什么论点。

Clustering作法可在Amber 手册cpptraj部分搜cluster。这是基于例如RMSD 作簇分析，从轨迹分找相近的帧，从相近的帧提取具代表性的帧。

作者
Author: Rick000000 时间: yesterday 09:15

student0618 发表于 2026-5-18 19:02
不是方法开发的话，应当按目的选方法而非为了使用某方法而选体系，除非那方法是有人(如合理的)要求一定要用 ...

前辈，主要我不明白二者的区别，我想用那种通用的，常规的那种。

作者
Author: student0618 时间: yesterday 11:54

Rick000000 发表于 2026-5-19 09:15
前辈，主要我不明白二者的区别，我想用那种通用的，常规的那种。

常用的就是clustering取代表的帧

作者
Author: Rick000000 时间: yesterday 22:47

student0618 发表于 2026-5-19 11:54
常用的就是clustering取代表的帧

前辈，FEL_3D主成分RMSD用复合物和蛋白的区别呢，这里我还是没有搞懂。

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