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标题: 求助水化聚酯溶胀后聚合物分散 [打印本页]

作者
Author: dongzi 时间: 前天 18:38
标题: 求助水化聚酯溶胀后聚合物分散
初始模型是通过将两个水盒和含水的聚酯膜拼接的盒子（29nm），经过em、nvt、npt后，聚酯膜变得分散基本占据整个水盒子中，没有保持初始的聚集状态。
初步计算聚酯膜的含水量在34%，孔比较大，跟别人跑的模型区别很大，请问这种情况有什么好的方法可以改善吗？
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作者
Author: student0618 时间: 前天 18:47
用什么力场参数、初始的链怎么预备的？

试试先跑聚酯膜盒子平衡好密度？

作者
Author: sobereva 时间: 前天 23:10
初始结构留那么大真空区莫名其妙。一开始就应当浸在水里

力场参数对模拟结果有至关重要的影响，拓扑文件怎么产生的一概不提，这种问题没法回答

不要把Cl-作为单独的控温组。应当和与之耦合密切的水一起控温

作者
Author: dongzi 时间: yesterday 09:53

sobereva 发表于 2026-5-18 23:10
初始结构留那么大真空区莫名其妙。一开始就应当浸在水里

力场参数对模拟结果有至关重要的影响，拓扑文件 ...

感谢社长大大回复，我用的GAFF力场参数，拓扑文件根据sobtop软件产生。
初始结构建的水-膜-水结构，考虑到膜比较散使用了较大的真空区

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Author: dongzi 时间: yesterday 09:57

student0618 发表于 2026-5-18 18:47
用什么力场参数、初始的链怎么预备的？

试试先跑聚酯膜盒子平衡好密度？

感谢回复，我用的GAFF力场参数，初始的链是自己建膜跑的干膜结构，已经平衡了密度，与文献值符合一致

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Author: sobereva 时间: yesterday 20:28

dongzi 发表于 2026-5-19 09:53
感谢社长大大回复，我用的GAFF力场参数，拓扑文件根据sobtop软件产生。
初始结构建的水-膜-水结构，考虑 ...

还必须明确说原子电荷怎么得到的

还不如先只模拟膜部分，等膜自发收缩规整了，再把盒子里充满水。上来就在膜和水之间带一大块真空区十分莫名其妙

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