标题: 求助pdb2gmx生成蛋白质拓扑文件时的错误 [打印本页] 作者Author: Amyluck 时间: yesterday 11:42 标题: 求助pdb2gmx生成蛋白质拓扑文件时的错误 我的蛋白质保留了部分与蛋白质具有相互作用的水分子，之后用pdb2gmx生成蛋白质拓扑文件时选择的是amber19sb，水模型是OPC，结果出现报错。主要问题是Residue 'HOH' not found in residue topology database，将pdb文件中的HOH改为WAT后仍然出现这样的错误。但是在文件夹里是有生成itp.和top.文件的。想请教大家，这样的拓扑文件能用吗，这个错误应该怎么解决呢，谢谢！
另外，去掉pdb文件中的所有水分子之后是可以正常生成拓扑文件的，但是看文献上面都是保留了水分子，求助各位老师我现在应该怎么做。 (, 下载次数 Times of downloads: 1)