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标题: 两万邻二甲苯分子体系NPT模拟崩溃求助 [打印本页]

作者
Author: lts！ 时间: yesterday 14:53
标题: 两万邻二甲苯分子体系NPT模拟崩溃求助
邻二甲苯分子首先用gaussian优化结构和频率分析，用multiwfn得到RESP电荷，然后用sobtop生成itp和top文件，其中键角键长力常数用mSeminario method方法得到，二面角力常数用GAFF2预建参数得到，然后用packmol在150nm的立方盒子里放两万个邻二甲苯分子，最终得到一个102nm的立方盒子，跑NPT过程中，邻二甲苯分子自发地形成团聚，并且最终崩溃报错 (, 下载次数 Times of downloads: 1)

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最初的盒子
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崩溃前的盒子，多出发生团聚

作者
Author: cpplh 时间: yesterday 20:55
盒子设的太大，邻二甲苯300k下是液体，密度约为0.88g/cm3，换算一下盒子边长应该是在16nm左右比较合理。你设置这么大的盒子，经过一段时间后，在范德华作用下，分子当然会自发聚集，因为原来离得太远了。并且对于邻二甲苯这种很普通的分子，没必要用mSeminario method拟合，直接用内置参数就行。

作者
Author: sobereva 时间: 1 hour ago
认真把“FAQ 11：什么时候才需要Sobtop基于Hessian算力常数？”这部分看了
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11

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