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标题: 基于GLYCAM/AmberTools构建乙酰化+丙酮酸化4黄原胶模型时的问题 [打印本页]

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Author: lizihanlll 时间: yesterday 20:27
标题: 基于GLYCAM/AmberTools构建乙酰化+丙酮酸化4黄原胶模型时的问题
我要跑黄原胶和其他多糖的协同作用的分子动力学模拟，多糖建模是通过GLYCAM来建的，然后在通过ambertools转换为gromacs格式来跑。
现在的问题是GLYCAM-Web可以加乙酰化，但是没有办法丙酮酸化，我如果把乙酰化的黄原胶在Avogadro直接手动给末端甘露糖添加丙酮酸基团，再来替换回去，但不确定这样做是否合理。尝试后发现，Avogadro 把残基名、残基编号都改成了 UNL 1。如果直接拿它替换，会把 GLYCAM 的残基信息弄乱。
如果在avogadro用整条链来加丙酮酸，后续处理后，在可视化时 PYR 与末端 Man 的 O4/O6 看起来没有真正成键，或者只是在空间上靠近，并没有形成正确的 4,6-O-pyruvate 环状连接。
该怎么进行黄原胶建模呢？

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