计算化学公社

标题: 将QM计算Hirsheld电荷换作MM电荷后计算的结果有差异 [打印本页]

作者
Author: Muby 时间: 2 hour ago
标题: 将QM计算Hirsheld电荷换作MM电荷后计算的结果有差异
各位老师好，我最近在做一个蛋白质计算的测试，产生了一些疑问，想请教一下老师：
在进行QM/MM的计算中，首先，我把研究对象A和影响的B残基Pro都算进了QM，而其他部分用点电荷嵌入的MM表示。在计算激发态后，我使用Hirsheld电荷产生了对应的电荷并重新进行QM/MM计算，其中再次计算时，QM仅包含研究对象A，而B残基作为MM点电荷嵌入，该电荷修改为上述计算的Hirsheld电荷，再重新计算激发态。我发现先前A+B计算激发态的值为470nm，而修改后则为432nm；然而，当我使用B残基的AMBER电荷做点电荷嵌入时是435nm。我怀疑在此过程中，量子效应可能较大。但我同时对操作是否有问题产生了疑问，为什么Hirsheld激发态电荷的拟合后为什么数值并不会更靠近A+B的值，以及是否可以通过修改电荷更加接近A+B同作QM时的值。
其中研究对象A和B存在一定的平行性，类似π作用，且B与A有氢键连接(以Pro的C=O与对象A的N-H作用)，在将B考虑为QM时会加帽。且A与B几乎不发生CT(经过IFCT验证)。
Hirsheld的电荷计算基于Multiwfn的7→11（ Atomic dipole corrected Hirshfeld atomic charge (ADCH)）
且gaussian计算激发态的表头为# wb97xd/gen td=(root=1, nstates=5) IOp(9/40=3) charge Nosymm (gen为对阴离子加弥散)

作者
Author: sobereva 时间: 2 hour ago
Hirshfeld对分子表面静电势描述极差，用于做电子嵌入目的的原子电荷完全离谱
看下文了解原子电荷的基本常识和不同计算方法的特点。只有对分子表面静电势重现性较好的原子电荷才能用于这种目的
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
http://sobereva.com/714（http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html）
《原子电荷计算方法的对比》（https://doi.org/10.3866/PKU.WHXB2012281）
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

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