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标题: 研究小分子跨膜，Gromacs加墙体（WALL）模拟报错求助 [打印本页]

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Author: Rororozoroni 时间: yesterday 17:53
标题: 研究小分子跨膜，Gromacs加墙体（WALL）模拟报错求助
我研究的内容是小分子跨膜，所以我想利用pbc=xy来设置在Z方向上不周期防止小分子通过边界跨越膜，通过附件中nvt.mdp的设置，在Z方向上添加了碳原子墙（C来源于小分子的atomtype）实现添加墙体，但是不管本地运行还是服务器运行都没能跑通，本地运行的log文件与服务器运行的log文件也在附件内，Gromacs所用版本为2020.6，本地运行显示如图，nvt模拟确实运行了一段时间，跑了一定的步数，但是突然就停止了，没有gromacs运行结束的结束语也没有报错，log里也没有相关信息，只有服务器日志有报错显示，但是不知道如何解决，请各位大佬帮忙看看，是不是我哪里配置错了，top、mdp和log文件已上传，但是gro的构型文件太大不够传

作者
Author: KazusaT 时间: yesterday 22:45
去掉墙，看能不能正常跑

作者
Author: sobereva 时间: 1 hour ago
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，上传超过500KB的gro等文本型文件前必须先压缩再上传，以节约论坛空间、节约下载耗时。别不压缩就试图直接上传，论坛规则故意让这种行为无法成功。更何况还有叫网盘的东西

按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8的逻辑排查。显然遇到问题应当先简化体系，诸如想到先去掉wall尝试是否能跑成功判断和wall是否有关。以及增加轨迹输出频率后，检查崩溃后轨迹的最后一帧的结构看是否能看出什么

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