计算化学公社

标题: 老师，为什么做NVT总是报LINCS WARNING？ [打印本页]

作者
Author: 2329568177 时间: 4 hour ago
标题: 老师，为什么做NVT总是报LINCS WARNING？
老师，我的结构用ORCA做过几何优化了，也做好了非标准氨基酸残基力场文件，做NVT总是出现这种情况：

我查了一下有问题的原子是MET以及其中一个非标准氨基酸残基。
我想请教老师，这是我的结构有问题吗，还是力场文件有问题？我试了一下，删除这个impropers运行了几分钟就没事了。

作者
Author: sobereva 时间: 3 hour ago
参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

如果真空中模拟单个分子都有问题，几乎一定是拓扑文件的问题

作者
Author: KazusaT 时间: 2 hour ago
感觉是不太对，有两行
CA H N -C
CA O C -N
这个CA上连接了6个原子明显不对吧

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