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标题: CP2K在PBE0/TZVP-MOLOPT-GTH等级下的并行效率问题 [打印本页]

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Author: northern_mar 时间: 7 hour ago
标题: CP2K在PBE0/TZVP-MOLOPT-GTH等级下的并行效率问题
请问有人测过PBE0/TZVP-MOLOPT-GTH或者PBE0/DZVP-MOLOPT-GTH大概300-500个原子的不同核数并行效率吗？
或者说应该怎么针对他的并行效率做测试呢？有看到一个帖子，不知道可不可以作为参考。
帖子链接：http://bbs.keinsci.com/thread-35518-1-1.html

近期导让我给课题补个AIMD，因为是第一次接触，而且这个耗时也挺高，所以有点担心试错成本过高。目前使用的核数是128核，如果不需要这么多核数的话想跟机时供应商要求换节点。

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 7 hour ago
GFN1-xTB半经验方法和PBE0杂化泛函在计算复杂程度以及程序实现上基本没有多少可比性。做几百原子大体系的杂化泛函计算的话，最重要的倒不是有多少CPU核心、能跑多快，而是有多少内存（或者高速连续读写的硬盘）能存储双电子积分，因为后者决定了能不能算得动的问题。

我不知道为什么一上来就要做几百原子的大体系计算，建议能化简模型就尽量化简，至少几十、一百多原子的小体系没有那么高的试错成本。

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Author: northern_mar 时间: 6 hour ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-5-30 10:31
GFN1-xTB半经验方法和PBE0杂化泛函在计算复杂程度以及程序实现上基本没有多少可比性。做几百原子大体系的杂 ...

我用gromacs的insert-molecules在真空区自动载入分子的话他一下子就快五百个分子了，也不知道要怎么处理。
如果您有好方法的话还请不吝赐教！omg

作者
Author: northern_mar 时间: 6 hour ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-5-30 10:31
GFN1-xTB半经验方法和PBE0杂化泛函在计算复杂程度以及程序实现上基本没有多少可比性。做几百原子大体系的杂 ...

而且我看卢老师的几个例子也是几百个原子欸

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 6 hour ago
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2026-5-30 11:29 编辑

northern_mar 发表于 2026-5-30 10:48
我用gromacs的insert-molecules在真空区自动载入分子的话他一下子就快五百个分子了，也不知道要怎么处理 ...

建模的初始盒子尺寸和密度总是可以自己决定的啊，而且gmx insert-molecules也有-box决定盒子大小或者-nmol决定塞入分子数量的选项。
这里肯定要做出取舍的，特定服务器上跑杂化泛函AIMD模拟总有一个算得动的时间和空间尺度上限，而如果待统计的物理性质或者待观察的反应现象就是要求大盒子、长时间模拟的话那得要么换机子要么换理论方法了。

我不知道你说的卢老师的几个例子是啥，体系特征和计算任务是否类似，但是他应该是介绍了相应的计算机配置和计算耗时的。

编辑：是http://bbs.keinsci.com/thread-59429-1-1.html这帖说的表面催化转化体系吗？

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Author: UW_0728. 时间: 3 hour ago
核数当然是多多益善（尤其是几百原子的体系），但是要调整MPI进程和OMP线程的并行搭配，以确保不会OOM（内存不够用）；测试重点我认为也应该放到这里。直接拿你自己要算的体系测即可，任务类型就选单点能计算

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Author: northern_mar 时间: 2 hour ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-5-30 11:08
建模的初始盒子尺寸和密度总是可以自己决定的啊，而且gmx insert-molecules也有-box决定盒子大小或者-nmo ...

是的是的，是这个贴子描述的反应
感觉和cp2k班的“例5 水合电子模拟”和“例7 TiO2光催化水析氧反应中间体”两个例子比较像，这两个例子也是200-300个原子

作者
Author: northern_mar 时间: 2 hour ago

UW_0728. 发表于 2026-5-30 14:44
核数当然是多多益善（尤其是几百原子的体系），但是要调整MPI进程和OMP线程的并行搭配，以确保不会OOM（内 ...

好的老师，请问这个测试只要算单点能不报爆内存就好了嘛？

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