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标题: 形成氢键的过渡态限制性优化找得到，放开限制找不到 [打印本页]

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Author: 星猫 时间: 5 hour ago
标题: 形成氢键的过渡态限制性优化找得到，放开限制找不到
各位大佬大家好，本人在做一个做的一个dft计算时其中一个过渡态是氢键形成，起初通过限制性优化快速的找到了该过渡态，但是在放开限制后该过渡态消失，找到得过渡态均为甲基旋转的过渡态，用限制性优化找到的过渡态做了IRC计算，该寻找的过渡态并不是最高点，也尝试了很多办法例如柔性扫描均失败，想请问各位大佬这种问题该如何解决，限制性优化的这个过渡态能否直接使用。out文件由于太大了我直接放的计算结果图片上来 (, 下载次数 Times of downloads: 2)

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作者
Author: -HMDS- 时间: 1 hour ago
如果放开限制就得不到那显然现在的过渡态也不是很合理，而且氢键的形成真的有过渡态吗，还是说你实际在算的是H在两个O上的转移。

作者
Author: sobereva 时间: 24 min ago
“通过限制性优化快速的找到了该过渡态” 这种描述本身就是完全错误的。限制性优化至多帮助你确定一个合适的搜索过渡态的初猜。用限制性优化得到的结构当过渡态更是无稽之谈；用这样的结构跑IRC完全毫无意义，都没有任何试的必要。

当前情况说明限制性优化得到的结构并不是合理的过渡态初猜，需要重新想办法弄一个合适的过渡态初猜；如果你坚信当前的结构作为搜索过渡态的初始结构并不糟，尝试结合诸如opt(TS,recalc=5、maxstep=15,notrust)增加优化到过渡态过程中的稳健性。

你当前摆的结构看起来要算质子转移，这完全不叫“形成氢键的过渡态”。形成氢键这种弱相互作用的过程中本来就不经历任何过渡态。

当前gjf里的关键词非常糟糕。
opt=modred freq根本就不应当一起用

优化过程没事甭用SMD，下文明确说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）
scrf里加个read读取SAS意义不明

内存给得还特别抠门，严重拖慢这么大体系振动分析速度，仔细看下文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

写temperature=233.15也莫名其妙。对于柔性扫描任务结果没有丝毫影响，倘若你想设置计算热力学校正量的温度，要知道当前这样的非常柔性的体系根本就不应该用Gaussian基于RRHO模型输出的热校正量（并且很容易被内行审稿人批评），远不如用下文说的Shermo基于QRRHO模型算的好
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

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