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标题: 原子间距很远，键级很小，应该看作是两个片段，还是一个分子 [打印本页]

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Author: xujian 时间: 2017-5-23 19:20
标题: 原子间距很远，键级很小，应该看作是两个片段，还是一个分子
如下图所示，原子3和4之间距离很大，为2.196, 原子2和5之间距离为2.258，在nbo下计算了Wiberg键级分别为0.270和0.132。结构是在B3LYP/Def2-TZVPP水平下优化得到的,关键词仅为opt freq B3LYP/Def2-TZVPP，请问这应该被认为是一个分子，还是两个片段？万分感谢!
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作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-24 02:16
算两个分子
你可以拥Multiwfn绘制ELF图，以及绘制RDG填色等值面图，更进一步考察相互作用

作者
Author: xujian 时间: 2017-5-24 10:35

sobereva 发表于 2017-5-24 02:16
算两个分子
你可以拥Multiwfn绘制ELF图，以及绘制RDG填色等值面图，更进一步考察相互作用

谢谢老师！还有个问题，由反应物生成这两个分子的反应中，生成物的能量用这个输出文件的自由能，还是用两个分子NO+SNO的自由能？

作者
Author: xujian 时间: 2017-5-24 15:51

sobereva 发表于 2017-5-24 02:16
算两个分子
你可以拥Multiwfn绘制ELF图，以及绘制RDG填色等值面图，更进一步考察相互作用

老师，我作了相关的散点图以及等值面，在散点图上没有出现spike，但是又出现了等值面（如下图），这里是说明两者之间不存在弱相互作用，而是完全孤立的两个分子吗？

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作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-25 02:13

xujian 发表于 2017-5-24 15:51
老师，我作了相关的散点图以及等值面，在散点图上没有出现spike，但是又出现了等值面（如下图），这里是 ...

图中有spike啊，非常清楚
默认的设定下，RDG等值面都出现了，说明算不上化学键作用，只是弱相互作用层面

作者
Author: xujian 时间: 2017-5-25 11:16

sobereva 发表于 2017-5-25 02:13
图中有spike啊，非常清楚
默认的设定下，RDG等值面都出现了，说明算不上化学键作用，只是弱相互作用层面

老师，我只显示两个原子之间的RDG等值面时，原子上也会出现等值面，如下图，这种情况应该怎么调节啊，谢谢
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作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-25 13:15

xujian 发表于 2017-5-25 11:16
老师，我只显示两个原子之间的RDG等值面时，原子上也会出现等值面，如下图，这种情况应该怎么调节啊，谢 ...

你这图很诡异，怀疑是设定或者计算流程有问题。最好上传波函数文件

作者
Author: xujian 时间: 2017-5-25 13:23

sobereva 发表于 2017-5-25 13:15
你这图很诡异，怀疑是设定或者计算流程有问题。最好上传波函数文件

谢谢老师，我用的是fchk文件，麻烦您！
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作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-26 03:17

xujian 发表于 2017-5-25 13:23
谢谢老师，我用的是fchk文件，麻烦您！

我不晓得你是怎么弄得。我用最新的3.4(dev)版，运行如下命令
5
13
2
-1
结果为
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很正常

作者
Author: xujian 时间: 2017-5-26 08:22
本帖最后由 xujian 于 2017-5-26 08:40 编辑

好的，谢谢老师。我试过了，跟您的一样，难道是之前做散点图的时候改了RDG_maxrho?

作者
Author: xujian 时间: 2017-5-26 09:50

sobereva 发表于 2017-5-26 03:17
我不晓得你是怎么弄得。我用最新的3.4(dev)版，运行如下命令
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老师，我又用RDG分析了一个分子，散点图和RDG等值面如下图一和图二，等值面图看上去有很大的缺口，散点图也不像原文中最左侧附近有那么明显的竖线（图三），请问这样的散点图也能被认为有spike吗，换言之，这样的RDG等值面也能说明这不是一个分子而是两个分子之间存在相互作用吗？
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作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-26 15:59

xujian 发表于 2017-5-26 09:50
老师，我又用RDG分析了一个分子，散点图和RDG等值面如下图一和图二，等值面图看上去有很大的缺口，散点图 ...

出现圆环的原因这里说了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
是O和N之间电子密度超过了默认的RDG_maxrho（0.05）所致
由于暗示可能属于强相互作用，应当计算键级、绘制ELF或加以AIM分析来讨论

作者
Author: xujian 时间: 2017-5-26 21:06
本帖最后由 xujian 于 2017-5-26 21:13 编辑

sobereva 发表于 2017-5-26 15:59
出现圆环的原因这里说了
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291

老师，我作了NBO分析后，两原子之间的Wiberg键级为0.3345，AIM分析如下图一所示，两原子之间存在BCP,可否说明这还是一个分子？
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但我感觉AIM分析判断成键的范围很广，比如一楼的分子，RDG分析有较好的等值面，但作AIM分析时，认为其是一个环状分子，如下图二

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作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-27 05:59

xujian 发表于 2017-5-26 21:06
老师，我作了NBO分析后，两原子之间的Wiberg键级为0.3345，AIM分析如下图一所示，两原子之间存在BCP,可否 ...

有键径不代表有化学键，就连离得很远的Ar2之间也有键径。只不过有化学键的一定有键径

绘制ELF图帮助判断本质

作者
Author: xujian 时间: 2017-5-27 10:17

sobereva 发表于 2017-5-27 05:59
有键径不代表有化学键，就连离得很远的Ar2之间也有键径。只不过有化学键的一定有键径

绘制ELF图帮助判 ...

老师，我分别做了ELF拓扑分析，以及ELF shaded surface map，分别如图一和图二（画圈的为考察的两个原子），图二中ELF值感觉应该小于0.4，这是否可以说明两原子之间没有化学键？另外想请教一下，图一中紫色小球和橙色小球之间的连线代表什么物理意义？麻烦您！

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作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-27 10:21

xujian 发表于 2017-5-27 10:17
老师，我分别做了ELF拓扑分析，以及ELF shaded surface map，分别如图一和图二（画圈的为考察的两个原子 ...

紫色小球是ELF的极大点，即(3,-3)点。橙色是(3,-1)点，意义不太大，相当于鞍点。
你当前的情况，肯定说不上是形成了共价键，但又比常规弱相互作用显得更强的一点，算是比较弱的电荷转移键可能比较妥当。你可以再算算相互作用能。

作者
Author: xujian 时间: 2017-5-27 11:12

sobereva 发表于 2017-5-27 10:21
紫色小球是ELF的极大点，即(3,-3)点。橙色是(3,-1)点，意义不太大，相当于鞍点。
你当前的情况，肯定 ...

谢谢老师，请问相互作用能应该怎样计算啊

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-27 12:51

xujian 发表于 2017-5-27 11:12
谢谢老师，请问相互作用能应该怎样计算啊

整体能量减两个片段能量

作者
Author: 曼竹w 时间: 2017-9-27 18:53
sob老师，请问结构优化的时候不加弥散，然后想确认一下是否成键，那么不加弥散算了算单点能，我看输出的log文件的坐标和结构优化的log文件的坐标不一样，那么这还能衡量结构优化完的那个模型的键吗，我有点困惑。

作者
Author: xujian 时间: 2017-9-27 20:29

曼竹w 发表于 2017-9-27 18:53
sob老师，请问结构优化的时候不加弥散，然后想确认一下是否成键，那么不加弥散算了算单点能，我看输出的log ...

单点的话键长什么肯定不会变化的

作者
Author: 曼竹w 时间: 2017-9-28 08:32
键长没有发生变化，但是原子坐标发生了变化，难道这不会影响吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-28 10:03

曼竹w 发表于 2017-9-28 08:32
键长没有发生变化，但是原子坐标发生了变化，难道这不会影响吗？

那是因为调整到了标准朝向，看此文了解基础
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297

作者
Author: 曼竹w 时间: 2017-9-28 18:49
sob老师，那我要比较重金属和一个材料和一个氨基酸残基的相互作用，这个材料是合成的，我画的时候优化，那这个氨基酸残基是晶体解析出来的结构，键长键角都是固定的，我需要优化吗？假如不优化想计算提取的结构中金属离子和这个分子的键解离能之和又得不到焓，怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-9-29 00:28

曼竹w 发表于 2017-9-28 18:49
sob老师，那我要比较重金属和一个材料和一个氨基酸残基的相互作用，这个材料是合成的，我画的时候优化，那 ...

晶体衍射通常只能给你准确的重原子的位置，起码氢的位置还得重新优化。
没有具体情况不好说，氨基酸残基数目不多的情况，最好和体系其余部分一起优化，不做任何限制

作者
Author: 曼竹w 时间: 2017-9-29 08:50
sob老师，那我从晶体库中提取的结构我不想几何优化不能直接计算频率吧？

作者
Author: 曼竹w 时间: 2017-11-15 16:43
可是氨基酸残基如果优化了之后就和原子晶体结构中的氨基酸残基不一样了。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-15 17:25

曼竹w 发表于 2017-9-29 08:50
sob老师，那我从晶体库中提取的结构我不想几何优化不能直接计算频率吧？

不能

作者
Author: sobereva 时间: 2017-11-15 17:25

曼竹w 发表于 2017-11-15 16:43
可是氨基酸残基如果优化了之后就和原子晶体结构中的氨基酸残基不一样了。

本身真空和在晶体环境中构象就是会存在差异

作者
Author: 曼竹w 时间: 2017-12-24 20:13
sob老师，我现在计算一个金属离子和一个小分子的相互作用能，那么计算的话是用金属离子和小分子整体优化后的结构的零点能减去单个小分子和单个金属的能量嘛？那这样的话还包括小分子和金属的形变能呢。像这种情况怎么处理？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-24 20:21

曼竹w 发表于 2017-12-24 20:13
sob老师，我现在计算一个金属离子和一个小分子的相互作用能，那么计算的话是用金属离子和小分子整体优化后 ...

零点能减电子能量毫无意义

作者
Author: 曼竹w 时间: 2017-12-24 20:30
说错了就是算相互作用能，整体的单点能减去片段的单点能，那这样的话，形变能需要考虑吗，，

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-24 20:55

曼竹w 发表于 2017-12-24 20:30
说错了就是算相互作用能，整体的单点能减去片段的单点能，那这样的话，形变能需要考虑吗，，

看你目的
跟实验比较需要考虑，纯粹研究特定结构下的结合能不用考虑
和主贴没直接关系的问题请到简单量化答疑专贴里问

作者
Author: 曼竹w 时间: 2017-12-25 11:01
好的，谢谢sob老师

作者
Author: 曼竹w 时间: 2017-12-27 16:16
sob老师，我还有点疑问，1、比如那个计算一个金属离子和一个小分子的结合能，直接画好这个结构，优化后，分别抠出金属离子和小分子的坐标计算一个单点能就行吗？
2、那比如金属结合以后如何计算这个小分子结合金属后的变形能

3、计算结合能的时候是在小分子优化完后在这个模型上加上金属原子，还是初始构型就画好呢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-12-27 19:46

曼竹w 发表于 2017-12-27 16:16
sob老师，我还有点疑问，1、比如那个计算一个金属离子和一个小分子的结合能，直接画好这个结构，优化后，分 ...

1 是
2 孤立状态下优化的结构和复合物中抠出来的结构能量求差
3 无所谓。前者稍微合理些。如果小分子有多种可能的构象、金属有多个可能的结合位点，应当都进行考虑，取能量最低的状态来算结合能。

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