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标题: 求助：非标准氨基酸封端问题 [打印本页]

作者
Author: Leafia 时间: yesterday 19:17
标题: 求助：非标准氨基酸封端问题
本帖最后由 Leafia 于 2026-6-2 22:10 编辑

各位老师好，
我目前正在尝试对一个包含非标准氨基酸（名为RTY）的环肽进行MD模拟。我正在参考论坛里的教程（使用 Sobtop 产生 rtp 文件）为这个 NCAA 建立 GROMACS 力场。
在处理名为 RTY的这个残基时，我遇到了一些困难。为了提取单体去算 RESP 电荷，我需要对断键位置进行封端，但 RTY 参与了成环，且同时在三个方向与其他残基相连，这让我不太确定目前的封端策略是否准确...
我已经将该环肽整体的 PDB 文件以及 RTY 的 2D 平面结构图附在了附件中。RTY 的具体连接情况和我的初步处理想法如下，想请各位老师帮看看：

上游肽键（图片左下角N 原子）： 这里 RTY 的 N 原子与标准氨基酸 ASN 的 C=O 相连。我计划采用常规的ACE封端。
下游连接（图片左下角的 C6 原子）： 这个位置让我比较疑惑。RTY单体本身在C6的位置连接的是Br原子，但在目前的环肽体系中，C6脱溴后直接连接了Pro 的 N 环，所以我目前不太确定该如何封端，是否应该用NMA/NME来模拟连接了氮原子的环境？或者用简单的甲基封端？
成环侧链键（图片右上角的 C2 原子）：RTY 的 C2 原子与 ASN 的 N 原子相连，形成了环肽的闭环结构。我计划采用NME封端，但是不知道成环键是不是更加特殊有什么需要注意的点。

非常感谢各位老师的时间和指点！>.<

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作者
Author: sobereva 时间: 1 hour ago
C6：把PRO的含氮的环保留下来，截断处氢封端
C2：NME照常封端就完了，要更讲究些就把ASN整个酰胺部分保留下来
不需要模型体系的构象和实际情况必须一致，关键是从成键角度来说的化学环境尽量一致

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