计算化学公社

标题: 请问用alphafold预测的肽结构，改成线性结构后做几何优化无法收敛如何解决？ [打印本页]

作者
Author: 2329568177 时间: 5 hour ago
标题: 请问用alphafold预测的肽结构，改成线性结构后做几何优化无法收敛如何解决？
老师我预测得结构具有二级结构，修饰非标准氨基酸残基，做几何优化后直接跑MD容易崩溃，所以我应gaussview修饰了主链的N-CA-C-N二面角为180度，再用avogadro的MMFF94s预优化，再用orca做的opt，但是一直无法收敛，请问老师应该如何解决？
这是预测的结构

这是调整线性后的结构

作者
Author: student0618 时间: 1 hour ago
本帖最后由 student0618 于 2026-6-3 04:04 编辑

目的是什么？补参数？

要做非标准残基参数，只把残基拿出来封端算就行，不用算整条链。

参考Gromacs非标准氨基酸残基的蛋白MD建模：sobtop产生rtp文件
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 57309&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

还要注意，短肽用AF未必准确。

作者
Author: sobereva 时间: 1 hour ago
“无法收敛” 指代不明。如果单纯是几何优化不收敛，常规该怎么解决怎么解决，本论坛上有无数讨论，论坛首页google框搜索，下文也说了基本解决思想
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

动力学崩溃的最大可能就是拓扑文件有bug，这是真正的重中之重，然而你怎么准备的拓扑文件却一丁点都没说（无数人在网上提问时都犯这个致命问题）。怎么排查和解决在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里明确说了。这事和量子化学做几何优化没有丝毫直接联系，当前做这么大体系的量子化学优化纯粹白浪费时间。
虽然初始结构里有不合理接触也很容易导致刚一开始崩溃，但如果已经用MMFF94优化过了，这种因素导致问题的可能性微乎其微。

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