计算化学公社

标题: 关于ReaxFF力场文件的疑惑 [打印本页]

作者
Author: zhongyuabc 时间: 2017-5-23 20:28
标题: 关于ReaxFF力场文件的疑惑
在reaxff反应力场中，涉及到很多的参数，由于要研究的体系没有现成的力场参数可用，所以我想了解力场中各个参数是什么意思，以及这些参数是如何得到的。看了reaxFFl力场的手册后，解决了部分问题，但是还是有些问题不知道，期望能得到前辈们的帮助，谢谢！
（1）在图1中的39个general parameters中，有部分数值后面标记的是not used，既然是没有用到，为什么还要写出来呢？
（2）在图2中，例如像van der Waals dissociation energy（Evdw）、Undercoordination energy（Eunder）等的数值是怎么计算出来的，是通过高斯吗？
（3）在reaxFF力场的开发中，作者会提到用量化计算一堆训练集，然后进行参数拟合就得到了反应力场中的文件，可否有相关的资料推荐，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-24 02:15
1 not used可能是开发者搞参数时候临时搞的一些参数，但没太大实用性，所以发布的时候就给隐藏掉了
2 你可以看看原文介绍的细节。力场的vdW参数一般都是基于实验结果和模拟结果，反复优化出来的，极少是直接通过高精度量化算的（除非那种极小体系，才是直接基于高精度算的相互作用势拟合的）。

作者
Author: zhongyuabc 时间: 2017-5-24 08:51

sobereva 发表于 2017-5-24 02:15
1 not used可能是开发者搞参数时候临时搞的一些参数，但没太大实用性，所以发布的时候就给隐藏掉了
2 你可 ...

好的，谢谢社长

作者
Author: qwoop 时间: 2017-5-24 15:10
可以参考ReaxFF发明者Adri C. T. van Duin的文章，例如这篇（http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpclett.6b02902）做了MoS2的力场拟合。我在用ReaxFF做一些粒子辐照方面的模拟，有空可以多交流

作者
Author: zhongyuabc 时间: 2017-5-25 10:25

qwoop 发表于 2017-5-24 15:10
可以参考ReaxFF发明者Adri C. T. van Duin的文章，例如这篇（http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpc ...

好的，谢谢您，请问您在所做的体系，需要自己拟合参数吗？http://pubs.rsc.org/en/content/articlehtml/1994/ft/ft9949002881 这篇文献中介绍到参数拟合方法，不知您是否看懂？

作者
Author: get-it 时间: 2017-5-25 15:34
可以看看potfit是怎么做的

作者
Author: zhongyuabc 时间: 2017-5-25 15:44

get-it 发表于 2017-5-25 15:34
可以看看potfit是怎么做的

好的，谢谢您，我马上去看看

作者
Author: 一颗赛艇 时间: 2017-6-3 01:39

get-it 发表于 2017-5-25 15:34
可以看看potfit是怎么做的

好像不支持ReaxFF啊

作者
Author: 一颗赛艇 时间: 2017-6-3 02:07
本帖最后由一颗赛艇于 2017-6-3 02:09 编辑

发一下自己对力场参数的研究。时间过去太长，有一些也记得不太清楚了。
(, 下载次数 Times of downloads: 213)
灰色的在拟合中应该是不变的，根据lammps中Reax/c模块的源码，图中红色的是被忽略的参数，其他颜色记不太清楚了……

而且，元素参数还被分成了四类，根据元素参数第四行倒数第三个和倒数第一个（是否Inner-wall），第二行第二个（是否Shielding vdWaals）

希望能够抛砖引玉

作者
Author: Mikasa 时间: 2017-6-3 08:20

一颗赛艇发表于 2017-6-3 02:07
发一下自己对力场参数的研究。时间过去太长，有一些也记得不太清楚了。

灰色的在拟合中应该是不变的，根 ...

您好，请问您知道“switch off some bond parameters during the equilibration simulation with ReaxFF”这个是怎么实现的么？

作者
Author: 一颗赛艇 时间: 2017-6-3 13:46

Mikasa 发表于 2017-6-3 08:20
您好，请问您知道“switch off some bond parameters during the equilibration simulation with ReaxFF ...

这个就不太清楚了。没有研究过。你上谷歌搜搜看看

作者
Author: Mikasa 时间: 2017-6-3 13:53

一颗赛艇发表于 2017-6-3 13:46
这个就不太清楚了。没有研究过。你上谷歌搜搜看看

好的，谢谢~
还没有Google出来

作者
Author: get-it 时间: 2017-6-3 22:39

一颗赛艇发表于 2017-6-3 01:39
好像不支持ReaxFF啊

我看的是参数拟合的方法

作者
Author: zhongyuabc 时间: 2017-6-5 09:44

一颗赛艇发表于 2017-6-3 02:07
发一下自己对力场参数的研究。时间过去太长，有一些也记得不太清楚了。

灰色的在拟合中应该是不变的，根 ...

谢谢

作者
Author: xylz6188 时间: 2017-10-25 22:45
楼主，您好！我近来想做聚合物热解，但分子动力学软件只会MS里的Forcite，我看了一些文章，他们都是用Lammps里的ReadFF力场，我想着MS不是能拟合力场么，那么ReadFF力场能否直接使用？

作者
Author: zhongyuabc 时间: 2017-10-26 09:43

xylz6188 发表于 2017-10-25 22:45
楼主，您好！我近来想做聚合物热解，但分子动力学软件只会MS里的Forcite，我看了一些文章，他们都是用Lammp ...

不好意思，我不知道勒

作者
Author: winterzen 时间: 2017-10-26 11:51

xylz6188 发表于 2017-10-25 22:45
楼主，您好！我近来想做聚合物热解，但分子动力学软件只会MS里的Forcite，我看了一些文章，他们都是用Lammp ...

MS中的Forcite不能使用ReaxFF，但其中的GULP模块可以，不过力场参数可能不太多。
大部分用ReaxFF的人都用LAMMPS，要用的话最好还是学一下它，开源免费，使用和修改也比较灵活。

作者
Author: xylz6188 时间: 2017-10-27 08:31

winterzen 发表于 2017-10-26 11:51
MS中的Forcite不能使用ReaxFF，但其中的GULP模块可以，不过力场参数可能不太多。
大部分用ReaxFF的人都 ...

好的，谢谢了。GULP没有版权，发文章成问题

作者
Author: winterzen 时间: 2017-10-27 11:34

xylz6188 发表于 2017-10-27 08:31
好的，谢谢了。GULP没有版权，发文章成问题

GULP本身是一个学术免费的软件，MS只是把它包装起来做了个界面。直接使用GULP原始程序并不需要向MS购买版权。可从它的主页注册下载
https://nanochemistry.curtin.edu.au/gulp/

作者
Author: xylz6188 时间: 2017-10-27 13:13

winterzen 发表于 2017-10-27 11:34
GULP本身是一个学术免费的软件，MS只是把它包装起来做了个界面。直接使用GULP原始程序并不需要向MS购买版 ...

太感谢你了，十分感谢

作者
Author: zd7777777 时间: 2021-6-7 20:15

qwoop 发表于 2017-5-24 15:10
可以参考ReaxFF发明者Adri C. T. van Duin的文章，例如这篇（http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpc ...

老师您好，reaxff粒子辐照的in文件例子有吗，我在做O原子撞击聚合物的模拟

作者
Author: duludulueiei 时间: 2023-2-28 09:58

xylz6188 发表于 2017-10-25 22:45
楼主，您好！我近来想做聚合物热解，但分子动力学软件只会MS里的Forcite，我看了一些文章，他们都是用Lammp ...

ms容易卡死，算力比较弱；所以大家一般用lammps中的

作者
Author: 哪壶不开提哪胡 时间: 2024-3-5 15:31

xylz6188 发表于 2017-10-25 22:45
楼主，您好！我近来想做聚合物热解，但分子动力学软件只会MS里的Forcite，我看了一些文章，他们都是用Lammp ...

你好，我现在也有这个问题，请问你后来是用MS还是lammps做的热解模拟呢

作者
Author: Bart 时间: 2024-3-8 09:25

xylz6188 发表于 2017-10-25 22:45
楼主，您好！我近来想做聚合物热解，但分子动力学软件只会MS里的Forcite，我看了一些文章，他们都是用Lammp ...

好像是不可以的，ms软件当中需要将模型的电子电荷数平静。

作者
Author: 路检吴哥 时间: 2025-2-2 23:14

xylz6188 发表于 2017-10-25 22:45
楼主，您好！我近来想做聚合物热解，但分子动力学软件只会MS里的Forcite，我看了一些文章，他们都是用Lammp ...

ReaxFF挺适合聚合物热解的。后面的问题看不明白，可能你想问MS拟合后的力场能否直接导出成ffield文件？这个应该可以，把MS的力场参数按规则copy到ffield中就行了，但这样做有什么意义呢？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)