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标题: 写了一个自动匹配有机分子键级的工具 [打印本页]

作者
Author: rusY 时间: 前天 16:26
标题: 写了一个自动匹配有机分子键级的工具
本帖最后由 rusY 于 2026-6-4 16:27 编辑

在实际应用中，我经常遇到这样的需求：只有分子结构坐标，没有键级和电子信息。简单的分子还可以只靠键长匹配，差不多得了，但是对有螺环的体系（特别是小环）、有异氰基和叠氮基这一类存在形式电荷的体系，转换起来非常麻烦。于是我写了一个工具，可以快速完成这个功能。
这个工具在一个常用的小分子立体坐标数据集 transition1x 上测试，从直接单纯键长匹配的28%，成功率提升到了89%。
希望尝试使用的小伙伴可以看这里： https://github.com/Russellwhatever/Mol-Projector 有帮助的话可以点个star

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: yesterday 14:58
RDKit 2022.09.1版开始就有一个“DetermineBonds”的功能，算法基于 https://doi.org/10.1002/bkcs.10334 。您的方法与RDKit里的这个方法做过比较吗？对于用户来说，您能不能提供一些您的方法表现优于RDKit的案例？

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