标题: gromacs mdrun -rdd参数设置问题 [打印本页] 作者Author: ikik 时间: 2026-6-4 20:19 标题: gromacs mdrun -rdd参数设置问题 各位老师好，我最近在超算上使用gromacs进行计算，但一直出现这个错误There is no domain decomposition for 1 ranks that is compatible with the given box and a minimum cell size of 6.9172 nm Change the number of ranks or mdrun option -rdd or -dds Look in the log file for details on the domain decomposition，并提示two-body bonded interactions: 6.288 nm, Exclusion, atoms 3052 3337 multi-body bonded interactions: 6.288 nm, Angle, atoms 3052 3337，但我查看结构文件和拓扑文件却并没有发现3052 3337原子之间有什么问题，于是我试着设置-rdd的值，最开始设置了1.4发现可以正常运行，于是我去搜索-rdd代表什么含义，了解到它是设置远距离成键交互的距离上限的，也了解到这个值设的过小会计算不准确，想问问各位这个值设定的依据是什么？我体系的大小是50*30*200，该设定多大比较合适？