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标题: 求助：使用CP2K做COF结构优化的过程是否正确 [打印本页]

作者
Author: 仙台叶月 时间: 2026-6-7 09:47
标题: 求助：使用CP2K做COF结构优化的过程是否正确
在MS软件中将晶包正交化并且添加了官能团，其结构如附件cif所示。晶包是导师给的。由于在MS中结构优化会导致COF膜十分弯曲，经过了解后使用CP2K进行优化。优化的过程是参考《使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件》一节中对SiC超胞做结构优化。具体过程是进入Multiwfn后超胞（2，1，2），然后开启OT。生成的inp文件已上传附件。
由于本人几乎没有相关知识，所以想请问我结构优化的过程是正确的吗？如果是对的话过程是否还有可以优化的地方？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2026-6-7 10:11
这个结构具体是怎么构建的？不符合有机化学常识的苯环和苯胺结构是明显的硬伤：

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当前晶胞参数也不清楚是实验测定特定外压下单晶结构的还是建模时按经验随意估计的，除非有明确理由固定，否则应该优先考虑变胞优化 (CELL_OPT) 而不是单纯的几何优化 (GEO_OPT) 。

作者
Author: 仙台叶月 时间: 2026-6-7 10:22

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-6-7 10:11
这个结构具体是怎么构建的？不符合有机化学常识的苯环和苯胺结构是明显的硬伤：

当前晶胞参数也不清楚是 ...

感谢指出结构问题！是一开始成建的时候就出错了。好的，后续我去看看变胞优化

作者
Author: 仙台叶月 时间: 2026-6-7 10:38

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-6-7 10:11
这个结构具体是怎么构建的？不符合有机化学常识的苯环和苯胺结构是明显的硬伤：

当前晶胞参数也不清楚是 ...

苯胺结构是在MS中先替换了苯环上的H，再用MS的补H功能。这个结构不合理吗

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2026-6-7 10:56

仙台叶月发表于 2026-6-7 10:38
苯胺结构是在MS中先替换了苯环上的H，再用MS的补H功能。这个结构不合理吗

基础有机化学第四版下册849页

(, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: 仙台叶月 时间: 2026-6-7 12:20

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-6-7 10:56
基础有机化学第四版下册849页

好的。感谢回答

作者
Author: 玉米猫 时间: 2026-6-8 19:34

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-6-7 10:11
这个结构具体是怎么构建的？不符合有机化学常识的苯环和苯胺结构是明显的硬伤：

当前晶胞参数也不清楚是 ...

估计是MS自动加氢导致的，加氢前没有检查键连方式

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