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标题: Gromacs中CHARMM力场无法正确识别钙离子 [打印本页]

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Author: fastsleep 时间: 2026-6-10 15:30
标题: Gromacs中CHARMM力场无法正确识别钙离子
本帖最后由 fastsleep 于 2026-6-10 15:30 编辑

Gromacs里使用CHARMM36力场生成拓扑文件时报错，Amber力场无这个问题，看报错应该是pdb文件中的钙离子无法被CHARMM力场正确识别，但是我的蛋白含有钙离子结合位点，想保留钙离子进行模拟，尝试了更改钙离子名称，但那样CHARMM会将钙离子识别成另一条链，而非金属离子，还尝试了使用CHARMM GUI生成的pdb文件生成拓扑，同样报错，请问如何解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-6-10 17:13
“识别成另一条链” 不意味着有任何错误，只要拓扑信息正确就完事，要搞清楚内在逻辑。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里讲钙调素模拟的例子里，钙调素结合了四个钙，把pdb里钙离子的残基名改成与要用的力场的目录下的rtp里钙离子对应的名字后，四个钙都被pdb2gmx当做“一条链”单独产生了一个itp文件，模拟完全正常。
若不想被这么处理，就把pdb里钙离子先去掉后用pdb2gmx产生拓扑文件，然后自己把钙离子加入gro里，主拓扑文件里自己include ions.itp

某某GUI那货根本没必要试，完全多余

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Author: student0618 时间: 2026-6-10 17:14
检查ions.itp的原子名，修改对应的钙离子原子名/残基名

也可以生成蛋白拓朴后手动处理拓朴include对应离子

作者
Author: fastsleep 时间: 2026-6-10 21:29

sobereva 发表于 2026-6-10 17:13
“识别成另一条链” 不意味着有任何错误，只要拓扑信息正确就完事，要搞清楚内在逻辑。北京科音分子动力学 ...

好的，谢谢老师，我去试试看

作者
Author: fastsleep 时间: 2026-6-10 21:31

student0618 发表于 2026-6-10 17:14
检查ions.itp的原子名，修改对应的钙离子原子名/残基名

也可以生成蛋白拓朴后手动处理拓朴include对应离 ...

好的，之前修改之后，在pymol里打开位置变了，不知道有没有影响

作者
Author: dayu8278 时间: 2026-6-13 10:50

fastsleep 发表于 2026-6-10 21:31
好的，之前修改之后，在pymol里打开位置变了，不知道有没有影响

如果CA位置变了，显然就是错了

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