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标题: chem 3d软件使用中出现 wangring! no atom type was assigned to the selected atom [打印本页]

作者
Author: Tobu8a 时间: 2026-6-11 16:28
标题: chem 3d软件使用中出现 wangring! no atom type was assigned to the selected atom
各位老师好如题目所示各位老师好。我想在chem3D中优化一个配合物分子，如图：
主要问题是：
请问如何在chem3D中进行预优化？之前在CHEM3d中
进行预优化时都是按着1.calculations-mm2-minimize energy
2.mm2-molecule dynamics 但是这个在进行第一步时就会弹出wanrning 之前并没有接触过配合物的计算
还有就是请问在CHEMdraw中金属原子与配体连接是用什么连接符号这一点的选择是否与报错有关

作者
Author: PLwang 时间: 2026-6-11 16:40
No atom type was assigned。一般来说，在分子动力学模拟前，你需要对每个原子定义其原子类型，比如连接O的C和连接芳环的C，在分子动力学计算中会被视为两种不同的atom type，CO, CA等。这些不同类型的原子，会被分配不同的力场属性，随后才能进行后续的能量最小化和分子动力学模拟。

你没有在问题中说明，你需要使用这个计算来做什么。但如果你是为了优化这个结构的稳定构型，得到一些结构，或者能量上的信息的话，MD通常来讲是完全不够的，至少也得上一些DFT。建议还是学学Gaussian，ORCA或者其他DFT软件。这些软件上手并不难。

另外，对于你这个体系，涉及一系列金属，Gd等，MD是很难对这些金属做到很好的描述的。

对于你的最后一个问题，MD一定要预先定义好Bond。

作者
Author: 李唯一 时间: 2026-6-11 16:46
mm2力场不支持Gd元素

作者
Author: 李唯一 时间: 2026-6-11 16:47
本帖最后由李唯一于 2026-6-11 16:56 编辑

可以换xtb软件预优化

作者
Author: Tobu8a 时间: 2026-6-11 17:00

PLwang 发表于 2026-6-11 16:40
No atom type was assigned。一般来说，在分子动力学模拟前，你需要对每个原子定义其原子类型，比如连接O的 ...

十分感谢老师！首先我的目的是计算这个分子的HOMO LUMO等能量信息之前和前辈学习的方法是在CHEM3D中进行1楼流程中的预处理导出PDB格式文件后再在Gaussian上进行DFT计算但是之前接触的分子都不涉及配合物所以并没有出现这个问题那请问现在如果我想对这个配合物进行计算的话该怎么去处理呢

作者
Author: Tobu8a 时间: 2026-6-11 17:27

李唯一发表于 2026-6-11 16:47
可以换xtb软件预优化

感谢您之前并没有接触过这个软件我去了解一下

作者
Author: PLwang 时间: 2026-6-11 20:36

Tobu8a 发表于 2026-6-11 17:00
十分感谢老师！首先我的目的是计算这个分子的HOMO LUMO等能量信息之前和前辈学习的方法是在CHEM3D中进行 ...

不需要这样做，CHEM3D，或者Gaussian View直接建模，然后使用Gaussian进行计算即可。一方面，力场优化出来不一定准；另一方面，这个体系也不大，没必要做什么预优化。

作者
Author: SharkYYX2025 时间: 2026-6-11 21:52

之前和前辈学习的方法是在CHEM3D中进行1楼流程中的预处理

一般普通有机分子可以在chem 3D里面这样预优化结构（苯环烷烃等）。稍微复杂一点就优化不了会报错，比如阴阳离子构成的盐、金属配合物、金属团簇。
所以一般按照楼上说的用xtb。但是也不保证GFN-xTB方法总是能正确描述金属配合物结构，毕竟还是和DFT有区别。需要小心检查xtb给出的结构是否合理
不会用xtb的话，就在gview里面点一下上面菜单栏的刷子（clean），然后优化。但也需要判断clean后结构是否合理

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