计算化学公社

标题: 如何显示成键的动态变化 [打印本页]

作者
Author: zhl@sy 时间: 2017-5-24 21:15
标题: 如何显示成键的动态变化
大家好！
我目前用VMD分析铝热化学反应，想在输出的原子轨迹中加上原子键，VMD中"representation"--"Drawing Method"--CPK方法加上的原子键是不正确的，大于正常间距的两个原子之间也显示原子键了，问一下大家是否有方法定义原子成键的距离，谢谢！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2017-5-24 22:40
dynamicbond

作者
Author: fsh 时间: 2019-7-26 16:12
如果体系中有多个原子键，dynamic bond只能设定一个阈值，各原子间的成键键长可能差别较大，这样的话怎么能对所有原子间的成键断键变化有个合理的描述呢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-26 22:48

fsh 发表于 2019-7-26 16:12
如果体系中有多个原子键，dynamic bond只能设定一个阈值，各原子间的成键键长可能差别较大，这样的话怎么能 ...

不同范围原子定义为不同的rep，设置不同的阈值

作者
Author: fsh 时间: 2019-7-26 23:39

sobereva 发表于 2019-7-26 22:48
不同范围原子定义为不同的rep，设置不同的阈值

比如体系中有O-H键，Ti-H键，Ti-O键，我可以在VMD中定义三个rep，在这三个rep中分别针对这三种成键方式设置三个不同阈值，然后显示轨迹中成键断键的动态变化？是这样吗，sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-27 04:36

fsh 发表于 2019-7-26 23:39
比如体系中有O-H键，Ti-H键，Ti-O键，我可以在VMD中定义三个rep，在这三个rep中分别针对这三种成键方式设 ...

是

作者
Author: fsh 时间: 2019-7-27 17:08

sobereva 发表于 2019-7-27 04:36
是

好的，谢谢老师

作者
Author: fsh 时间: 2019-8-15 15:37

sobereva 发表于 2019-7-27 04:36
是

老师，还想问一下，vmd里Graphics--Labels可以实现某两个特定原子间键长随时间的变化，能不能实现某两种原子间的键长随时间的变化呢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-16 07:04

fsh 发表于 2019-8-15 15:37
老师，还想问一下，vmd里Graphics--Labels可以实现某两个特定原子间键长随时间的变化，能不能实现某两种 ...

两类原子间的键长需要自行对每一对计算出来后取平均。这需要自己写tcl脚本实现

作者
Author: fsh 时间: 2019-8-18 18:20

sobereva 发表于 2019-8-16 07:04
两类原子间的键长需要自行对每一对计算出来后取平均。这需要自己写tcl脚本实现

好的，谢谢老师

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