计算化学公社

标题: Cu (II)- 自由基 BS 开壳单重态过渡态多虚频消除求助 [打印本页]

作者
Author: 剑与玫瑰 时间: 2026-6-29 17:39
标题: Cu (II)- 自由基 BS 开壳单重态过渡态多虚频消除求助
(, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 2)
各位老师好，我计算 Cu (II)- 自由基复合物过渡态，采用 BS 开壳单重态计算，流程为：波函数稳定性校验→读取稳定波函数几何优化→复判波函数稳定→读取轨道做 freq 频率分析。
当前频率输出存在多个虚频，并非单一反应坐标虚频，想请教可行的消虚频修正方案，感谢指点！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2026-6-29 19:20
本帖最后由 zjxitcc 于 2026-6-29 19:21 编辑

先不要考虑虚频的问题。先把计算步骤做得更合理、更节约机时一些，当前输入和输出文件看起来写了巨量多余的内容。以下是计算步骤示例
Step 1. 单点计算，获得初始结构的稳定波函数

%nprocshared=64
%mem=128GB
%chk=BS-TS1_1.chk
#p UB3LYP genecp em=gd3bj scrf(solvent=acetonitrile,SMD) scf(xqc,maxcycle=256) nosymm guess=mix stable=opt
[空行]
title
[空行]
0 1
[坐标]
[空行]
Cu 0
sdd
****
C H O N 0
6-31g*
****
[空行]
Cu 0
sdd
[空行]
[空行]

复制代码

Windows下编辑gjf文件，末尾放3个空行；Linux下编辑gjf文件，末尾放2个空行。末尾空行可以偏多，不可以偏少。复制文件BS-TS1_1.chk为BS-TS1_2.chk，供下一步读取。

Step 2. 读取稳定波函数，进行结构优化

%nprocshared=64
%mem=128GB
%chk=BS-TS1_2.chk
#p opt=calcfc UB3LYP chkbasis em=gd3bj scrf(solvent=acetonitrile,SMD) scf(xqc,maxcycle=256,NoVarAcc) nosymm guess=read geom=allcheck
[空行]
[空行]

复制代码

复制文件BS-TS1_2.chk为BS-TS1_3.chk，供下一步读取。

Step 3. 读取优化好的结构对应的波函数检验波函数稳定性

%nprocshared=64
%mem=128GB
%chk=BS-TS1_3.chk
#p UB3LYP chkbasis em=gd3bj scrf(solvent=acetonitrile,SMD) scf(xqc,maxcycle=256,NoVarAcc) nosymm guess=read geom=allcheck stable=opt
[空行]
[空行]

复制代码

复制文件BS-TS1_3.chk为BS-TS1_4.chk，供下一步读取。

Step 4. 读取优化好的结构对应的波函数，做频率计算

%nprocshared=64
%mem=128GB
%chk=BS-TS1_4.chk
#p freq UB3LYP chkbasis em=gd3bj scrf(solvent=acetonitrile,SMD) scf(xqc,maxcycle=256,NoVarAcc) nosymm guess=read geom=allcheck
[空行]
[空行]

复制代码

记得每一步写nosymm。只有第一步需要写坐标，基组和赝势，后面都可以从chk文件中读取，不需要写那么冗长的gjf文件，容易在复制修改过程中出错。如果按这个步骤计算有>1个虚频，可以上传最后freq任务输出文件，再提问。

作者
Author: 剑与玫瑰 时间: 2026-6-30 10:18

zjxitcc 发表于 2026-6-29 19:20
先不要考虑虚频的问题。先把计算步骤做得更合理、更节约机时一些，当前输入和输出文件看起来写了巨量多余的 ...

非常感谢老师悉心分享规范计算流程，原来不用反复粘贴坐标，纠正了我之前繁琐易出错的操作方式，我稍后就按这套步骤开展计算，由衷感谢您的指点！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)