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标题: 如何从cp2k的输出画态密度图DOS [打印本页]

作者
Author: wudazhuang509 时间: 2017-5-29 20:33
标题: 如何从cp2k的输出画态密度图DOS
如题，我在用cp2k计算态密度，现在获得一些*.pdos文件，但是不知道该怎样画图，求大神指导

如果用Multiwfn，导入文件输入10之后就会退出

如果用orgin等画图软件直接画图，画出来的图是一个又一个的尖峰，因为得到的能量数据是不连续的。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-30 10:14
2021-Feb-9补充：下面的说法已过时。2021年2月的Multiwfn已经支持直接基于CP2K的molden文件绘制TDOS和PDOS，见18L

Multiwfn本来就不支持CP2K的输出文件
此文件里记录的应当是各个能级位置s,p,d轨道产生的贡献，需要用Gauss函数展宽，然后再绘制成曲线图。
展宽可以借助Multiwfn，改写成Multiwfn能认的格式即可，见手册3.12.2节的格式说明。例如此附件里把s轨道的数据改写了成了Multiwfn可认的格式
(, 下载次数 Times of downloads: 155)
载入Multiwfn，选10，恰当设置横坐标范围，然后选0，就绘制出来了s的PDOS
(, 下载次数 Times of downloads: 107)

作者
Author: wudazhuang509 时间: 2017-5-30 11:58
本帖最后由 wudazhuang509 于 2017-5-30 13:00 编辑

sobereva 发表于 2017-5-30 10:14
Multiwfn本来就不支持CP2K的输出文件
此文件里记录的应当是各个能级位置s,p,d轨道产生的贡献，需要用Gauss ...

谢谢老师，可以画s轨道的PDOS了。

我现在把各个数据通过Multiwfn转出来，然后用gnuplot画在一起了，不知道能不能用Multiwfn把s，p，d各个轨道画在一起？

单个的轨道输入文件格式可以写成
energy occ strength
如果想要在一个图里面画出s，p，d各个轨道的PDOS是不是可以写成
energy occ strength1 strength2 strength3？

作者
Author: wudazhuang509 时间: 2017-5-30 14:06

sobereva 发表于 2017-5-30 10:14
Multiwfn本来就不支持CP2K的输出文件
此文件里记录的应当是各个能级位置s,p,d轨道产生的贡献，需要用Gauss ...

这样画出来的s，p，d轨道的图都是一样的，导出来的数据也完全相同（设定了相同的energy range[-3.0:1.0:0.5]，FWHM[0.05]，scale ratio for DOS[0.1]），怎样表现s，p，d的贡献不同呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-30 14:12

wudazhuang509 发表于 2017-5-30 14:06
这样画出来的s，p，d轨道的图都是一样的，导出来的数据也完全相同（设定了相同的energy range[-3.0:1.0:0 ...

不可能是一样的，你的pdos文件里s,p,d都是不同的

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-30 14:16

wudazhuang509 发表于 2017-5-30 11:58
谢谢老师，可以画s轨道的PDOS了。

我现在把各个数据通过Multiwfn转出来，然后用gnuplot画在一起了，不 ...

手册里没说能够energy occ strength1 strength2 strength3这么写
绘制哪个，就把哪个的数据从pdos里拷到Multiwfn输入文件里
后处理界面可以导出曲线数据，把s,p,d的曲线数据分别得到并导出，都放到Origin里一起作图就完了

作者
Author: wudazhuang509 时间: 2017-5-30 14:33

sobereva 发表于 2017-5-30 14:16
手册里没说能够energy occ strength1 strength2 strength3这么写
绘制哪个，就把哪个的数据从pdos里拷 ...

谢谢老师，分开用Multiwfn导出来的数据是一模一样的，这是为什么呢？

作者
Author: wudazhuang509 时间: 2017-5-30 15:30

sobereva 发表于 2017-5-30 14:12
不可能是一样的，你的pdos文件里s,p,d都是不同的

卢老师好，找到问题了，输入文件第一行写错了，所以没有识别strength

作者
Author: panger 时间: 2017-6-5 16:51

sobereva 发表于 2017-5-30 14:12
不可能是一样的，你的pdos文件里s,p,d都是不同的

sob老师，我也是有同样的问题。导出的数据的确不一样，可是用multiwfn作图都一样。您能受累帮忙看看吗？谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-6-5 19:19

panger 发表于 2017-6-5 16:51
sob老师，我也是有同样的问题。导出的数据的确不一样，可是用multiwfn作图都一样。您能受累帮忙看看吗？ ...

文件格式不合要求。
你当前文件里第一行第二个数字是1，此时程序只会读取能量和占据数，默认强度是1，由于你的两个文件前两列是一样的，所以作图结果一样。
只有第一行第二个数字是2的时候，才会把强度（第三列）和FWHM（第四列，你当前文件里没写）从文件中读入。
注意阅读3.12.2节的格式说明

作者
Author: panger 时间: 2017-6-5 22:42

sobereva 发表于 2017-6-5 19:19
文件格式不合要求。
你当前文件里第一行第二个数字是1，此时程序只会读取能量和占据数，默认强度是1， ...

谢谢sob老师

作者
Author: Xuyujia 时间: 2018-5-30 21:09
按手册上说的，只导入能量，占据数，强度和FWHM的话，那各个s,p,d轨道的密度怎么办？画出的图根本显示不出来啊!

作者
Author: wudazhuang509 时间: 2018-6-10 18:22

Xuyujia 发表于 2018-5-30 21:09
按手册上说的，只导入能量，占据数，强度和FWHM的话，那各个s,p,d轨道的密度怎么办？画出的图根本显示不出 ...

因为我用的是cp2k的输出文件，然后自己修改了格式放入multiwfn画图的，不知道你所说的什么意思。multiwfn也是可以画比如orca等输出的spd等分轨道，具体手册你看下，我没用过，所以不好意思

作者
Author: sobereva 时间: 2018-6-11 05:56

Xuyujia 发表于 2018-5-30 21:09
按手册上说的，只导入能量，占据数，强度和FWHM的话，那各个s,p,d轨道的密度怎么办？画出的图根本显示不出 ...

你得说明你用的是什么程序。对于量化程序，绘制PDOS图在手册4.10节有的是例子。
2019-May-15注：Multiwfn绘制DOS图已有了专门的博文
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构
http://sobereva.com/482（http://bbs.keinsci.com/thread-13242-1-1.html）

若你是从符合格式要求的普通文本文件里直接导入能级数据在Multiwfn里绘图，绘制出来的是什么曲线，完全取决于你的“普通文本文件”里记录的是什么。如果比如这个文件里的强度一列对应于s轨道对相应能级的贡献率，则绘制出来的就是s的PDOS。

作者
Author: weichengdo 时间: 2020-8-18 20:56
请把输入文件贴一下，看看。我想知道用哪个section可以得到PDOS和TDOS,谢谢.

作者
Author: Penson 时间: 2020-8-19 16:51

weichengdo 发表于 2020-8-18 20:56
请把输入文件贴一下，看看。我想知道用哪个section可以得到PDOS和TDOS,谢谢.

多看官网的练习教程：https://www.cp2k.org/exercises:2018_uzh_cmest:pdos
&PRINT
      &PDOS
         # print all projected DOS available:
         NLUMO -1
         # split the density by quantum number:
         COMPONENTS
&END
基本上在DFT的PRINT里面设好NLUMO和COMPONENETS元素就可以输出PDOS了，TDOS要自己加，没有直接获取的办法。

作者
Author: weichengdo 时间: 2020-8-21 18:57

Penson 发表于 2020-8-19 16:51
多看官网的练习教程：https://www.cp2k.org/exercises:2018_uzh_cmest:pdos
&PRINT
&PDOS

好的，感谢分享

作者
Author: sobereva 时间: 2021-2-10 03:53

weichengdo 发表于 2020-8-18 20:56
请把输入文件贴一下，看看。我想知道用哪个section可以得到PDOS和TDOS,谢谢.

可以用Multiwfn载入CP2K的molden文件（产生方式看Multiwfn手册2.9.2节。CP2K计算时记得在$SCF里用ADDED_MOS关键词指定算一些低阶空轨道），然后在Multiwfn的主功能10里可直接绘制TDOS，详见
使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构
http://sobereva.com/482（http://bbs.keinsci.com/thread-13242-1-1.html）

如果修改molden文件并加入晶胞信息（详见Multiwfn手册2.9.2节），在Multiwfn的DOS界面里定义片段后还可以绘制PDOS，步骤同上。

作者
Author: TJU_RYC 时间: 2024-4-15 10:45

Penson 发表于 2020-8-19 16:51
多看官网的练习教程：https://www.cp2k.org/exercises:2018_uzh_cmest:pdos
&PRINT
&PDOS

老师，您好，我CP2K可以计算自旋向上和自旋向下的态密度吗？

作者
Author: madhatter 时间: 2024-4-27 21:18

sobereva 发表于 2021-2-10 03:53
可以用Multiwfn载入CP2K的molden文件（产生方式看Multiwfn手册2.9.2节。CP2K计算时记得在$SCF里用ADDED_M ...

sob老师，我计算了两种复合材料(周期性)，想通过这种绘制TDOS的方法来比较两者的导电性差异，可以用HOMO能级对应的数值大小，来说明导电能力吗？或者需要参考哪个位置的数值来比较。萌新

不太懂固体物理，所以不太想用第一性作DOS。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-1 22:32

TJU_RYC 发表于 2024-4-15 10:45
老师，您好，我CP2K可以计算自旋向上和自旋向下的态密度吗？

CP2K+Multiwfn可以

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-1 22:35

madhatter 发表于 2024-4-27 21:18
sob老师，我计算了两种复合材料(周期性)，想通过这种绘制TDOS的方法来比较两者的导电性差异，可以用HOMO ...

“用第一性作DOS” 完全语义不明
如果你用CP2K做计算，本来CP2K就是第一性原理程序

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